用JTAG接口配置EPCS器件，具體操作步驟如下：
1.在QuartusII中打開工程，然後編譯鏈接，生成JTAG配置文件.sof；
2.選擇File->Convert Programming Files，調出Convert Programming Files對話框；
3.Output programming file對話欄內，Programming file type選擇JTAG Indirect Configuration File(.jic)；
4.Configuration device選擇你所使用的配置芯片，如EPCS16；
5.File name填寫輸出文件的名字，如output_file.jic；
6.Input files to convert對話欄內，選中Flash Loader，點擊Add Device按鈕，在彈出對話框中選擇你的FPGA芯片，如EP2C35；
7.選中SOF Data，點擊Add File按鈕，在彈出的資源瀏覽器中找到並選中編譯生成的.sof文件，點擊打開按鈕；
8.點擊Generate按鈕生成output_file.jic文件；
9.打開Programmer對話框，選擇JTAG模式；
10.點擊Add File按鈕，選擇output_file.jic文件，並在Program/Configure複選框上打勾；
11.確定鏈接好JTAG電纜後，點擊Start，QuartusII會先配置FPGA，然後再有FPGA燒寫配置芯片。
利用這種方法可以在不使用AS接口的情況下完成對配置芯片的燒寫，缺點是配置過程時間稍長，且每次配置完之後，要將板卡斷電後重新加電，程序才能開始運行。