過程參考https://vcftools.github.io/examples.html
- 首先下載並編譯安裝vcftools
git clone https://github.com/vcftools/vcftools.git
cd vcftools
./autogen.sh
./configure
make
make install
遇到的問題包括:
(1)./autogen.sh時報autoreconf: not found 安裝apt-get install autoconf
(2)缺少zlib sudo apt-get install zlib1g-dev
- 使用方法
顯示版本信息:
vcftools
比對兩個vcf文件
vcftools --vcf input_data.vcf --diff other_data.vcf --out compare
tips:sudo apt install vcftools