根據政策、工具和員工專業知識的不同，不同組織之間的磁盤故障實際管理流程也不盡相同。但是在磁盤替換過程中，Windows管理員有一些規律可循。
首先，需要確定有故障的磁盤。Windows Server 2012 R2提供了一些磁盤故障的參考資料和一些識別數據，包括Event Viewer日誌、Server Manager中的Physical Disks報告、System Center Operations Manager(SCOM)的警告對話框或Windows PowerShell查詢等。SCOM可以報告故障磁盤的具體位置，例如槽、托盤和方位。其他工具將故障磁盤作爲物理磁盤號或全局唯一標識符(GUID)產生報告。使用PowerShell Get-PhysicalDisk命令可以將GUID轉化爲物理磁盤號。
在確定哪些磁盤有故障之後，在存儲陣列模塊中找到它。許多存儲陣列中會有LED閃爍提示相應的磁盤故障。如果沒有提示，技術人員將需要額外的時間來找到正確的物理磁盤或序列號。
許多技術人員會先檢查磁盤連接試圖復位磁盤槽或電纜連接。如果起作用，重置物理磁盤使用或通過PowerShell PhysicalDisk命令從存儲池中刪除該磁盤，這樣可以清楚閃爍的LED燈。如果磁盤問題依然存在，使用特定的存儲陣列指令來更換磁盤。典型的最佳實踐是確保新磁盤的功能與發生故障的磁盤相匹配，這樣可以防止性能不匹配所導致的存儲問題。取代物理磁盤之前，應該清楚該磁盤在任何存儲池中的配置，這樣才能給新磁盤重建的機會，否則可能會有數據丟失。
每個組或陣列中完全相同的磁盤應該使用相同的固件版本。一旦新磁盤加入，應該將其固件版本進行更新，確保與該組或者該陣列中的其他磁盤保持一致。記住，每個新版本的固件隨着時間和訪問可能會引入變化。雖然這可以提高磁盤本身，固件版本差異也可能引入性能差異，從而會引發意想不到的或間歇性的存儲錯誤。可以通過Server Manager或Windows PowerShell等工具查詢磁盤固件版本報告，另外，更新應遵循製造商的指示。
使用Server Manager或Windows PowerShell往存儲池中添加新的物理磁盤，然後刪除舊的磁盤。在一個完整的磁盤故障事故中，失敗的磁盤應該自動退休。如果磁盤提前被替換——如針對間歇性問題——首先要通過PowerShell刪除該磁盤。
作爲磁盤故障管理的最後一步，技術人員可以運行存儲健康測試來驗證存儲池或集羣，然後消除任何警報。