一、項目經理不能掌控全局
項目經理常見的缺陷是缺乏大型製造業ERP系統的實施經驗，如果項目經理缺少掌控全局的能力，再加上對企業管理理解有限，就容易不能清楚地界定自己的需求，所以製造業ERP系統項目是否制定了明確有效的目標和範圍，是項目實施中的一大關鍵。企業總想花較少的錢辦較多的事，項目目標過大、過多、範圍過寬，而製造業ERP系統項目本身是一個高風險項目，過多的目標、過寬的範圍對駕馭控制項目都是極爲重大的挑戰。
二、項目計劃執行乏力
企業執行製造業ERP項目計劃往往朝令夕改，毫無確定性。其中重要的原因是企業往往低估了實施的難度，安排計劃不切實際，執行過程中又嚴重缺乏執行力度，往往計劃只具有理論上可行性，而一旦付諸實施，則不能被嚴格執行。
三、人員流動大，製造業ERP系統失控
任何項目都需要人來做，而製造業ERP系統項目更需要高素質的人才參與。目前的大部分製造業ERP系統項目過程中都會或多或少發生成員變動，甚至有的變動率超過百分之五十。面對煥然一新的項目組成員，將會對原有製造業ERP系統項目產生很多問題，項目中人力資源的管理問題需要進一步得到解決。所以，製造業ERP系統項目就是在對項目目標、規劃、進展以及各種變量進行有序的分析、規劃基礎上，對項目過程中的所有相關人員給予有效的協調、控制和管理。
四、時間管理嚴重滯後和失控
實施製造業ERP系統是個龐大的管理和系統綜合性項目，過程控制主要是體現在項目實施過程中的時間控制。包括控制項目實施過程中各階段投入的各種資源和達到的目標所用的時間，使之儘可能達到項目實施計劃要求。當一個切實可行的總體實施計劃和目標被制定和批准以後，如何監督和控制就成了一個重要的問題。
五、項目成本管理失控，嚴重超出預算
項目成本是評價一個項目是否成功的一個關鍵因素，所以成本的變化將直接影響項目的成功。因此，製造業ERP系統實施的關鍵問題就在於如何有效的在預期成本下達成預期目標。往往的情況是項目經理在開始不注重有效控制成本，而到項目實施一段時間之後，發現項目預算已經不能保證項目的完成了，或者半途而廢，或者追加投入，而追加投入又會遇到企業資金是否充足的影響。
六、未能有效進行風險控制
實施製造業ERP系統的風險控制可以分爲四個步驟：識別風險、衡量風險、管理風險、監控項目進程與狀態。識別風險主要的工作是確定可能影響項目實施的風險並記錄風險的特徵。在識別風險的同時，需要辯證地分析其負面效應和正面效應。衡量風險主要是對識別的風險進行評估，確定風險與風險之間的相互作用以及潛在的一系列後果。
管理風險是風險控制中最爲直接，也是最爲關鍵的一個步驟。對於不同的風險，需要根據其重要性、影響大小以及已經確定的處理優先次序，採取相應的措施加以控制，對負面風險的反應可以是儘量避免、努力減小或設法接收。製造業ERP系統幾乎是與失敗陰影伴隨而生的，沒有一個企業希望這個陰影降臨在自己頭上。因此，必須重視強化實施過程中的項目風險管理。
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