介紹
新型冠狀病毒，是一類具有包膜、基因組爲線性單股正鏈的RNA病毒，顆粒呈圓形或橢圓形，直徑約60-140nm。
正鏈意味着病毒進入細胞後就可以直接指導蛋白質合成，而且通過RNA聚合酶生成負鏈來進行自我複製
此次武漢發現的冠狀病毒是新發現的在人類中傳播的病毒株系，被WHO命名爲2019新型冠狀病毒（2019-nCoV）。
其他與之同屬於冠狀病毒會感染人類並引起疾病，比如中東呼吸綜合徵（MERS）和嚴重急性呼吸綜合徵（SARS），其症狀可從普通感冒到重症肺部感染。
冠狀病毒形態
- 刺突糖蛋白（Spike，S）：組成病毒粒表面有球棒狀的突出部分，屬於I型跨膜蛋白。可以被S酶分解爲S1和S2兩個功能單位 。S1用來促進病毒結合到宿主細胞受體，與宿主受體互作區（RBD區）與受體結合。這個區域可以與ACE2蛋白結合，如果結合完成，那麼新型冠狀病毒就會感染人呼吸道上皮細胞，進而導致肺炎。
- 血凝素-酯酶蛋白（hemagglutinin-esterase，HE）：β冠狀病毒屬（新型冠狀病毒）的結構，I型跨膜蛋白
- 膜糖蛋白（membrane glycoprotein，M）：通過三個跨膜結構域嵌入病毒包膜裏
- 包膜蛋白（envelope，E）：跨膜蛋白
- 核衣殼（nucleocapsid，N） ：以串珠的形式結合到RNA基因組上，形成螺旋對稱的核衣殼
分類
基因組
參考基因組序列
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NCBI
第一個上傳的基因組數據
Wuhan seafood market pneumonia virus isolate Wuhan-Hu-1, complete genome
這一版本的基因組相對後面發佈的基因組，有更加全面的信息，詳細內容進https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/MN908947
作者在上傳基因組數據的聲明，這個基因組的發佈引起的學術糾紛不再贅述
http://virological.org/t/novel-2019-coronavirus-genome/319
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國家基因庫
鏈接：https://db.cngb.org/search/assembly/CNA0007332/
比如基因組下載：ftp://ftp.cngb.org/pub/CNSA/CNP0000881/CNS0191792/CNA0007332/2019-nCoV_WH01.completeGenome.fa.gz
其他更新ID：CNA0007332 ，CNA0007333 ，CNA0007334 ，CNA0007335
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國家基因組科學數據中心
https://bigd.big.ac.cn/gwh/Assembly/947/show
其他更新ID：GWHABKF00000000 ，GWHABKG00000000 ，GWHABKH00000000 ，GWHABKI00000000 ，GWHABKJ00000000
蛋白質三維結構
1月26日，上海科技大學饒子和/楊海濤課題組測定的2019-nCoV冠狀病毒**3CL水解酶(Mpro)**的高分率晶體結構
目前PDB（ ID: 6LU7 ）搜索不到，處於數據上傳階段，如有急需，聯繫 [email protected]
基因組流行病學分析
基因組變異及進化樹
最近，國家基因組中心更新了 2019nCoVR 專題，鏈接：https://bigd.big.ac.cn/ncov/
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基因組序列信息
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基因組變異分析
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進化樹分析（來自NGDC）
其他信息：
https://www.who.int/westernpacific/emergencies/novel-coronavirus
參考：
