安裝前的一些準備
- Config::General
- File::Basename
- File::Spec::Functions
- GD
- GD::Polyline
- Getopt::Long
- IO::File
- List::Util
- Math::Bezier
- Math::BigFloat
- Math::Round
- Math::VecStat
- Memoize
- Params::Validate
- Pod::Usage
- Readonly
- Set::IntSpan
- Regexp::Common
首先，Circos是基於perl的，所以無論是linux還是windows都要求先裝上perl，由於我通常工作都是在win下面進行，所以這次以在win下面安裝爲例。
我選擇Strawberry Perl：http://strawberryperl.com/
在win下面安裝可以少一些痛苦。一切默認安裝進行，OK。
比較痛苦的是爲Perl安裝各種模塊，官方要求的模塊就包括以下：
安裝過程中發現還要再安裝
不幸中的萬幸，Strawberry提供了一個CPAN Client的命令行界面，可以在線下載並安裝，具體命令就是三步曲：
get Config::General
make Config::General
install Config::General
Anyway，把以上的都裝好之後，就可以進入下一步了。
Circos的安裝
首先將Circos的安裝包(circos-0.54.tgz)下載下來: http://mkweb.bcgsc.ca/circos/software/download/
所謂的安裝其實很簡單，就是把壓縮包直接解壓到你想要安裝的路徑即可。
Circos的基本工作流程
在畫圖之前有必要先介紹一下Circos的基本工作流程。Circos的配置文件circos.conf對程序的運行有着決定性的作用，裏面定義着Circos工作的各種參數，主要包括畫圖的類型，顏色，字體，IO File的路徑等等。
當然，data對於Circos也非常重要，Circos讀入的data都是文本文件，格式是每行：
chr start end value [options]
value一般是顏色，也可能是文字（作爲標籤），詳細定義請參見 : http://mkweb.bcgsc.ca/circos/tutorials/lessons/2d_tracks/connectors/configuration
另外，Circos的安裝包裏的data目錄下有各種data文件可供測試。
用Circos來畫出你的第一個基因組圖譜
首先命令行cd到Circos的安裝目錄下：
cd circus-x.xx
下面採用tutorials裏面的一個例子來作圖：
perl .\bin\circos -conf .\tutorials\5\1\circos.conf
如果界面在一陣數據刷屏之後顯示：
created image at D:/Software/circos-0.54/circos-tutorial.png
created image at D:/Software/circos-0.54/circos-tutorial.svg
那麼你的作圖就成功了，當然你也可以打開.\tutorials\5\1\circos.conf去修改裏面的參數。
最後希望你能夠通過上面簡單的介紹，對Circos能有個輕鬆的入門。如果你還想深入學習，那麼就要仔細的自己去看tutorial了。
