子窗口
每個窗口是通過父子關係體系連接到一起的。應用程序創建一個沒有父親的主窗口，稱爲頂層窗口。該窗口可能包含（也可能沒有包含）有窗口，稱爲子窗口。子窗口會被父窗口裁減。也就是說，子窗口超出父窗口邊沿的部分是不可見的。當父窗口被銷燬時，子窗口自動被銷燬。當父窗口移動的時候，子窗口隨父窗口一起移動。
從程序角度看子窗口同頂層窗口是一樣的。您可以使用CreateWindow或CreateWindowsEx函數來創建它們，和頂層窗口一樣，每個子窗口都有一個窗口過程來處理消息，並且每個都可以包含自己的子窗口。要創建子窗口，需要將CreateWindow或CreateWindowEx的參數dwStyle設置爲WS_CHILD。另外，對在頂層Windows CE窗口中沒有使用的hMenu參數，可以傳一個ID用以引用該子窗口。
在Windows CE下，頂層窗口和子窗口之間還有另外一個主要的不同點。Windows CE shell只給具有WS_OVERLAPPED和WS_VISIBLE風格的頂層窗口發送WM_HIBERNATE消息。（這種情況下的窗口可視與用戶是否可以看見是無關的。如果有其它窗口在Z軸方向蓋住了該窗口，該窗口對系統是可見的，但用戶是看不到的。）這意味着不能發送WM_HIBERNATE消息給子窗口和大部分對話框。頂層窗口要麼在需要的時候手工發送WM_HIBERNATE消息給它們的子窗口，要麼自己執行所有必要的工作來減少應用程序的內存使用量。在使用標準"Explorer shell"的Windows CE系統裏，支持在任務欄上顯示應用程序按鈕，而用於判斷WM_HIBERNATE消息目標窗口的規則，一樣適用於判斷哪些窗口獲得了任務欄上的按鈕。
窗口除了有父子關係外，還有一種擁有和被擁有的關係。被擁有的窗口並不被其擁有者裁剪。但是，被擁有的窗口總是出現在擁有者的Z座標的上方。如果擁有者最小化了，它擁有的所有窗口都被隱藏。同樣地，如果該窗口被銷燬，其擁有地所有窗口都被銷燬。
