1、兩者在文件構成上有區別；
2、InnoDB支持事務處理，MyISAM不支持；
3、對無WHERE子句的COUNT(*)操作的不同：MyISAM中保存了該值，直接讀取，InnoDB需要作全表掃描；
4、鎖的區別：InnoDB支持表級鎖和行級鎖，MyISAM只支持表級鎖；
5、INNODB的索引會緩存數據，而MYISAM不會
6、INNODB不區分char和varchar
7、INNODB支持hash索引，而MYISAM不支持
構成上的區別：
MyISAM
每個MyISAM在磁盤上存儲成三個文件。第一個文件的名字以表的名字開始，擴展名指出文件類型。
.frm文件存儲表定義。
數據文件的擴展名爲.MYD (MYData)。
索引文件的擴展名是.MYI (MYIndex)。
InnoDB基於磁盤的資源是InnoDB表空間數據文件和它的日誌文件，InnoDB 表的大小隻受限於操作系統文件的大小，一般爲 2GB事務處理上方面:
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MyISAM類型的表強調的是性能，其執行數度比InnoDB類型更快，但是不提供事務支持
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InnoDB提供事務支持事務，外部鍵等高級數據庫功能
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SELECT UPDATE,INSERT，Delete操作如果執行大量的SELECT，MyISAM是更好的選擇
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1.如果你的數據執行大量的INSERT或UPDATE，出於性能方面的考慮，應該使用InnoDB表
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2.DELETE FROM table時，InnoDB不會重新建立表，而是一行一行的刪除。
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3.LOAD TABLE FROM MASTER操作對InnoDB是不起作用的，解決方法是首先把InnoDB表改成MyISAM表，導入數據後再改成InnoDB表，但是對於使用的額外的InnoDB特性（例如外鍵）的表不適用對AUTO_INCREMENT的操作每表一個AUTO_INCREMEN列的內部處理。
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MyISAM爲INSERT和UPDATE操作自動更新這一列。這使得AUTO_INCREMENT列更快（至少10%）。在序列頂的值被刪除之後就不能再利用。(當AUTO_INCREMENT列被定義爲多列索引的最後一列，可以出現重使用從序列頂部刪除的值的情況）。
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AUTO_INCREMENT值可用ALTER TABLE或myisamch來重置對於AUTO_INCREMENT類型的字段，InnoDB中必須包含只有該字段的索引，但是在MyISAM表中，可以和其他字段一起建立聯合索引更好和更快的auto_increment處理如果你爲一個表指定AUTO_INCREMENT列，在數據詞典裏的InnoDB表句柄包含一個名爲自動增長計數器的計數器，它被用在爲該列賦新值。
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自動增長計數器僅被存儲在主內存中，而不是存在磁盤上表的具體行數selectcount(*)fromtable,MyISAM只要簡單的讀出保存好的行數，注意的是，當count(*)語句包含 where條件時，兩種表的操作是一樣的InnoDB中不保存表的具體行數，也就是說，執行selectcount(*)fromtable時，InnoDB要掃描一遍整個表來計算有多少行鎖MYISAM表鎖InnoDB提供行鎖(locking on row level)，提供與Oracle類型一致的不加鎖讀取(non-locking read inSELECTs)，另外，InnoDB表的行鎖也不是絕對的，如果在執行一個SQL語句時MySQL不能確定要掃描的範圍，InnoDB表同樣會鎖全表，例如update table setnum=1wherename like “%aaa%”