Cytoscape是一款圖形化顯示網絡並進行分析和編輯的軟件，從官網下載了最新的版本 3.7.2。
由於Cytoscape需要Java環境才能運行，如果你的電腦還沒有Java環境，在安裝時最新的3.7.2版本會自動下載並安裝Java好環境，自動安裝位置爲：
C:\Program Files\Common Files\i4j_jres
若無JRE，Cytoscape將無法正常安裝、運行、卸載。64位計算機可安裝64位（x64）或32位（i586)JRE，32位計算機只能安裝32位JRE。一般安裝好後，如果啓動 Cytoscape 彈出報錯窗口，一般都是因爲Java環境沒有配置好，根據情況的不同可以參考如下文章：
1、Error:The jvm could not be started.The maximum heap size (-Xmx) might be too large or an antivirus or firewall tool could block the execution.
2、cytoscape安裝時的問題
3、Cytoscape史上最全攻略
安裝好後相應文件夾共有12個項目，如下：
根據官方文檔，Linux 或者 Mac OS X系統中打開軟件的方式爲：運行cytoscape.sh；在Windows系統中，可以雙擊cytoscape.bat或者直接雙擊exe文件。
筆者現在的遇到的問題是：Java環境沒問題，但是軟件無論怎麼點擊都沒有反應，沒有任何窗口彈出或提示出現，百度搜索了類似的問題大多都是沒有安裝java或者版本太低，只需更換版本就能解決，但是經過嘗試都無法解決。於是筆者改變思路，以管理員身份在安裝目錄的這個文件夾下打開命令提示符，結果終於發現了報錯的原因，如下所示：
報錯爲：
錯誤: 代理拋出異常錯誤: java.rmi.server.ExportException: Listen failed on port: 0; nested exception is:
java.net.SocketException: Unrecognized Windows Sockets error: 10106: create
查閱相關資料，按照以下方法即可解決問題：
unrecognized Windows Sockets error: 10106: create
解決辦法：
正常重啓電腦應該就可以解決，若不行，則：
（1）以管理員身份打開命令提示符；
（2）cmd命令行運行：netsh winsock reset；
（3）重啓電腦。
winsock是Windows網絡編程接口，winsock工作在應用層，它提供與底層傳輸協議無關的高層數據傳輸編程接口， netsh winsock reset 是把它恢復到默認狀態。
最終，出現了久違的畫面。
