軟件工程在過去幾十年的發展歷程中，也形成了一些鮮明的新思想。例如，IBM 提出了軟件開發思想的4項要點——迭代開發、以系統架構爲中心、持續的質量保證以及管理變更和資產，其中只有“持續的質量保證”和傳統工業工程是十分吻合的，而其它3項具有軟件特性所擁有的思想。軟件的變更比較頻繁，自然對其管理的高要求，進一步促進迭代開發的合理性。
客戶和業務用戶始終希望軟件能夠按時交付高質量的產品，又認可軟件的靈活性，希望軟件能夠具有隨需應變的能力，及時進行必要的修改來滿足業務的新需求。同時，軟件又是一種知識型產品，需要創造性，並依賴每個開發人員的創造力和積極性。所有這些引導人們新的思考，引導人們不斷認識軟件工程而建立獨特的軟件工程思想。
- 迭代開發，以時間換空間，消除市場風險。
- 敏捷開發或輕量級過程，以不變應萬變。
- 永遠的Beta，不斷推陳出新，永無止境。
- 持續集成、持續構建、全程測試。
- 知識管理，將軟件工程納入知識管理的範疇。
- 面向對象是一種方法，也是一種思想。
- 軟件即服務（SaaS），面向服務架構（SOA）的開發思想。
- 用例驅動開發，用戶爲本思想在軟件中的體現。
同時，軟件工程可以向傳統工業工程學習，吸收傳統工業工程上百年實踐積累下來的經驗、沉澱下來的思想。
- 以顧客爲中心的全面質量管理。
- 過程決定結果。
- 有效的持續改進過程。
- 預防爲主，檢驗爲輔。
- 驗證和確認缺一不可，質量保證和測試融爲一體。
- 以架構設計爲中心，體現設計爲重的思想。
- 生產標準化、產品標準化和技能標準化。
- 軟件工廠思想造就了組件、構件技術，包括自動化測試。
- 圍繞項目管理開展工作，包括風險預防、里程碑控制和關鍵路徑法等。