一句話簡介:一個可以用於探索、下載和簡單分析 UCSC Xena data hubs 上所有數據集的 R Shiny 交互式應用。
項目地址:https://github.com/openbiox/UCSCXenaShiny
可以單獨作爲 R 包下載和使用,目前主要開發了數據集的下載和單基因的分析功能,很多都還需要完善和增加,歡迎在 https://github.com/openbiox/UCSCXenaShiny/issues 提供反饋和建議。
主界面:
數據集的選擇、查看和下載:
一些單基因分析模塊:包括泛癌表達、生存分析、Cox分析等
接着看下目前6位參與的開發人員,如果沒有他們就沒有這個工具的存在啦。
該工具是 Openbiox 社區的項目之一,最近 Openbiox 社區推出了便捷的可視化和科研分析平臺 Hiplot(知乎有介紹文章 https://zhuanlan.zhihu.com/p/161098733),UCSCXenaShiny 作爲高級功能模塊之一。
目前該平臺正在內測,如果你不想要安裝 R 包,又想要嘗試一下 UCSCXenaShiny,歡迎註冊
最後,如果這個工具能夠幫助到你的科研工作,記得引用一下我們的預印本:
Wang, S.; Xiong, Y.; Gu, K.; Zhao, L.; Li, Y.; Zhao, F.; Li, X.; Liu, X. UCSCXenaShiny: An R Package for Exploring and Analyzing UCSC Xena Public Datasets in Web Browser. Preprints 2020, 2020070179 (doi: 10.20944/preprints202007.0179.v1).