原创 R語言數據處理包dplyr、tidyr筆記
dplyr包是Hadley Wickham的新作，主要用於數據清洗和整理，該包專注dataframe數據格式，從而大幅提高了數據處理速度，並且提供了與其它數據庫的接口；tidyr包的作者是Hadley Wickham， 該包用於“tidy
2020-06-07 03:52:00
原创 WGCNA 課程56個樣本基因的代碼
首先把多個TXT文件合併爲矩陣 用GIT ##ls awk '{print FILENAME"\t"$0}' * |head awk '{print FILENAME"\t"$0}' * |grep -v 名字 >tmp.txt wc
2020-02-25 23:33:13
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原创 Bioconductor分析基因芯片數據第五章
使讀者初步瞭解使用Bionconductor完成基因芯片預處理的流程接着詳細講解戲弄i按預處理和數據分析等內容最後深入瞭解實際工作中會遇到的芯片處理問題以及如何用學到的只是解決問題目的：掌握芯片分析的整體框架，自行學習其他廠商或種類（例如
2018-08-24 20:46:42
原创 string數據庫使用和實踐第一部分string數據庫介紹
背景爲什麼要尋找蛋白質互做關係？因爲只有正確地發現和註釋細胞中的所有功能性的相互作用關係，才能對細胞的功能進行系統層面的學習和理解。大家在收集和展現蛋白質相互作用的信息上，一直在努力地跟上相互作用關係探索的步伐近年來，無論是在實驗觀測和計
2018-08-24 20:46:42
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原创 project2
inter_key_inter_resultRAID數據從raid數據庫下載RRI1第二個RRI1RRI_mRNAmRNA_coreRRI_mRNA_coreMyopia_highly_related_mRNA.txRRI_Myopia_
2018-08-24 20:46:42
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原创 R軟件-ggplot2 畫火山圖
R軟件ggplot2 1 導入包 # 幫助文檔鏈接：http://docs.ggplot2.org/current/library(ggplot2) 2.改變工作路徑，將工作路徑改變到數據存放的文件夾下3.讀取數據：isoforms.fi
2018-08-24 20:46:41
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原创 Cytoscape使用教程
Cytoscape之操作界面介紹http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI5MTcwNjA4NQ==&mid=2247484184&idx=1&sn=2384ba8a6a6ea3ed7dac1b42217c71
2018-08-24 20:46:41
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原创 projiectsection第一個文件
groupdatadesign colnames(design)rownames(design)fitfitebays 之後的fitprobeplotsummaryyavelimfit之後的fitgene-levelsummary 2te
2018-08-24 20:46:40
原创 Bioconductor分析基因芯片數據
使讀者初步瞭解使用Bionconductor完成基因芯片預處理的流程接着詳細講解戲弄i按預處理和數據分析等內容最後深入瞭解實際工作中會遇到的芯片處理問題以及如何用學到的只是解決問題目的：掌握芯片分析的整體框架，自行學習其他廠商或種類（例如
2018-08-24 20:46:40
原创 string數據庫使用和實踐第三部分數據處理 流程-參數--後續分析
流程1.首先要獲取蛋白質列表（單個/多個）格式：蛋白名稱爲一個佔一行，或者氨基酸序列的通用格式。ID類別：可以爲一種，可以爲多種混合2.在對應的數據框中輸入蛋白質列表或者上傳列表文件後，選擇對應的物種。如果知道物種，可以直接進行下拉選擇。
2018-08-24 20:46:40
原创 string數據庫使用和實踐的第二部分網頁展示http://string-db.org/
主頁protein-mode該模式中，string數據庫能夠預測到特定物種中的某一個蛋白質的相互作用關係通過該模式可以獲取最多的特異性，但是覆蓋面就會較小一些，原因是該模式中，string不會準確的去獲取其他物種的直系同源物，取而代之的是
2018-08-24 20:46:40
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原创 project
groupdatadesign colnames(design)rownames(design)fitfitebays 之後的fitprobeplotsummaryyavelimfit之後的fitgene-levelsummary 2
2018-08-24 20:46:40
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