原创 c++ 一元高斯混合模型的參數估計
設X服從參數爲雙高斯一元混合模型: , 是來自總體的樣本，則根據所得樣本估計X的6個參數 先看一個實例，設 X ~ 0.6N(0, 1) + 0.4N(8, 2), 則其核密度爲： 根據https://blog.csdn.net/liv
2019-08-15 09:53:57
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原创 HMM向前算法
1. HMM的第一個問題：已知一個HMM模型, 即狀態轉移矩陣， 發射矩陣， 初始狀態概率矩陣已知，給定一個觀察值序列, 求這個觀察序列發生的概率。 2. 算法思路：實質上是動態規劃算法，關鍵是找到遞推公式 2.1 計算時刻1的各種狀
2019-08-15 09:53:57
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原创 matplotlib + seaborn作圖的基本步驟
matplotlib和seaborn是python的兩大核心可視化庫，seaborn是matplotlib的進一步封裝。由於matplotlib庫比較複雜，這裏記錄一下使用兩個庫協同作圖的過程。使用的data大致格式如下： 結果如下圖：
2019-08-15 09:53:57
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原创 Veterbi算法求解HMM第二個問題
// 已知：HMM隱含狀態數量，狀態轉換概率，狀態的發射概率，以及初始狀態概率分佈，根據可見狀態鏈， // 求: 最有可能的狀態鏈順序 (俗稱解碼過程) // 窮舉法可以求解，但是使用veterbi算法求解時間複雜度會降低很多 //
2019-08-15 09:53:57
原创 matplotlib + seaborn差異表達分析
import numpy as np import pandas as pd import matplotlib.pyplot as plt import seaborn as sns %matplotlib inline # 整理數
2019-08-10 11:08:57
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原创 c++處理vcf文件，隨機提取
#include<iostream> #include<fstream> #include<vector> #include<sstream> #include<stdlib.h> #include<st
2018-08-27 17:58:58
原创 fst
計算Fst,Pi,Tajimi'D based on SNP vcf file (2015-06-24 16:04:29) 標籤： bioinformatics 分類：bioinformatics Fst: Fst(Fixa
2018-08-27 17:58:55
原创 fq文件隨機提取sys.argv[1]條reads python
import random import sys fin=open('reads.fq','r').readlines() fout=open('out.fq','w') a=fin[::4] b=fin
2018-08-27 17:58:42
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原创 python分別用while和for於vcf格式提取復等位基因的snp（並計算分別條數）
line=open('cleanqt.vcf','r').readlines() #use ‘while’ out1=open('alle=1.vcf','w') out2=open('alle
2018-08-27 17:58:39
原创 c++學習筆記，將文件字符串按行讀入容器vector
python的文件直接可以用readlines（）方法將文本按行讀入列表，但是對於c++我目前沒有找到很好的辦法將文件按行讀入容器vector，先存一個將就用把，後面有新方法再跟進！ #include<iostream> #include
2018-08-27 17:58:39
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原创 c++淺拷貝和深拷貝理解
爲什麼c++會設置這兩種拷貝呢，因爲在某些情況下，類內成員變量需要動態開闢堆內存，如果實行位拷貝，也就是說把對象裏的值完全複製給另一個對象，如A=B。這時，如果B中有一個成員變量指針已經申請了內存，那麼A中的那個成員變量也指向同一塊內存。
2018-08-27 17:58:38
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原创 單向鏈表
c++鏈表主要運用面向對象思維，使用封裝，繼承，抽象數類型，多態，指針等知識點來寫，期間指針懸空了找了好久....,改好了如下：#include<iostream>using namespace std;class Data //創建D
2018-08-27 17:58:38
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原创 c++函數指針數組
函數指針數組：把指向函數的指針放入數組；#include<iostream>using namespace std;int pls(int x,int y){ return x+y;}int quad(int x,int y){
2018-08-27 17:58:38
原创 mysql 重啓
ERROR 2002 (HY000): Can't connect to local MySQL server through socket '/var/run/mysqld/mysqld.sock' (2) 轉載 2009年08月05
2018-08-27 17:58:38
原创 tcp編程-python
服務端： import socket word={'a':'1','b':'2','c':'3','d':'4','e':'5','bye':'bye'} host='' port=50007 s=socket.socket(sock
2018-08-27 17:58:38
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