原创 Linux下MPICH2集羣系統安裝手冊(採用建立信任ssh)

這是我幾天來研究學習的一點成果,發出來與大家共享。其中有什麼不足之處請批評指正! 說明:本系統測試環境爲Redhat9.0完全安裝,並且以獲得mpich2-1.0.1.tar.gz軟件包。假設你的mpich2-1.0.1.tar.gz軟

原创 在單機上安裝、配置MPI 並行環境(Linux版)

在單機上安裝、配置MPI 並行環境 1 Linux 的安裝可以安裝任何Linux 發佈版, 推薦RedHat-9一些必須安裝的包(關於如何用RedHat 的rpm 命令安裝軟件包可參看Maximum RPM)gcc 包GNU C, 用於

原创 MaterialStudio v4.3安裝手冊 v1.0

一、    背景介紹 Materials Studio 是一個採用服務器/客戶機模式的軟件環境,它爲你的 PC 機帶來世界最先進的材料模擬和建模技術。 Materials Studio 使你能夠容易地創建並研究分子模型或材料結構,使用極

原创 在聯網的多臺機器上安裝、配置MPI 並行環境

在聯網的多臺機器上安裝、配置MPI 並行環境 Linux 系統的安裝要求與前一節單機環境一樣。此外,在開始下面的步驟之前還應該先配置好TCP/IP 網絡連接。爲避免額外麻煩, 在配置網絡時請不要開啓任何防火牆設置。此外,爲方便相互訪問

原创 集羣監視軟件Ganglia

什麼是ganglia Ganglia監控軟件主要是用來監控系統性能的軟件,如:cpu 、mem、硬盤利用率, I/O負載、網絡流量情況等,通過曲線很容易見到每個節點的工作狀態,對合理調整、分配系統資源,提高系統整體性能起到重要作用。Gan

原创 關於CentOS.V4.2下並行環境搭建

並行程序linux CentOS 4.2下安裝指南: 1. 因程序中用到了opengl的開發所以 檢查是不是安裝了freeglut-2.2.0-14.rpm以及freeglut-devel-2.2.0-14.rpm$rpm -qa  |

原创 Wien2K安裝手冊及benchmark v1.0

一、            背景介紹 簡介: 用密度泛函理論計算固體的電子結構。它基於鍵結構計算最準確的方案——完全勢能(線性)增廣平面波((L)APW)+局域軌道(lo)方法。在密度泛函中可以使用局域(自旋)密度近似(LDA)或廣義梯

原创 WindowsVista 64bit+VS2008配置CUDA環境

1、  軟件準備 1.1   cudadriver_2.3_winvista_64_190.38_general 1.2   cudatoolkit_2.3_win_64 1.3   cudasdk_2.3_win_64 1.4   V

原创 組建大型機羣系統需要考慮的一些問題

環境考慮: 佈局、電源、空調等結點機操作系統自動安裝、恢復結點機狀態監控: CPU 負載、用戶作業、內存使用等結點機硬件監控: 電壓、風扇、溫度等(http://secure.netroedge.com/~lm78/ )MPI 系統進程數

原创 Moab 5.2.0+Torque 2.2.1/pbs集羣作業可視化管理系統部署試驗

Moab 5.2.0+Torque 2.2.1/pbs集羣作業可視化管理系統部署試驗 1、介紹 全稱:Moab Cluster Suite 官方網站http://www.clusterresources.com/ 商業軟件,其中部分部件

原创 P P C L Beowulf計算機羣測試報告

P P C L Beowulf計算機羣測試報告   廖 琦   中國科學院化學研究所     我們目前擁有兩套用於分子模擬的Beowulf計算機羣。一套是用於教學目的8 CPU AMD Athlon MP 2000+ (主頻1666M H

原创 MPICH NT 1.2.5 安裝使用簡要說明(windows)

MPICH NT 1.2.5 安裝使用簡要說明(windows) 注:本文檔僅供在單機單處理器上進行MPICH 學習實驗參考,使用開發編譯環境爲VC++ 6.0,有關多機環境下或是採用其它編譯器的配置請自己查詢或搜索相關文檔。需要注意:

原创 Gaussian安裝手冊 v1.02

一、            背景介紹 Gaussian是目前計算化學領域內最流行、應用範圍最廣的商業化量子化學計算程序包。它最早是由美國卡內基梅隆大學的約翰·波普(John A Pople,  1998年諾貝爾化學獎)在60年度末、7

原创 MPI中可能會出現的錯誤

1.p1_xxxxx:  p4_error: interrupt SIGSEGV: 11這個錯誤可能是因爲某個進程中出現了段錯誤引起的,自己編程中曾出現過的錯誤: 1.只在一個進程中給指針申請空間,而在其他進程沒有申請,所以在廣播的時候