首先是最前端，與用戶打交道的WEB端。考慮到用戶量的問題，必然要做負載均衡。硬件或者軟件都有很多解決方案，比如軟件可以用開源的nginx、haproxy、lvs什麼的。WEB端的基本功能是 用戶服務平臺、支付網關、商戶服務平臺（提供針對商戶的訂單管理功能）。
在WEB後面需要一系列的服務相互配合，這裏細節略去。詳情可以參考各支付平臺給商戶的各種文檔，裏頭可以窺知一二。
服務的背後就是數據，所以必然得有數據庫，得考慮用什麼數據庫。然後要考慮的兩個主要問題是：1. 數據量、請求量都很大，怎麼解決壓力的問題。分庫分表什麼的，少不了；這還不夠，你不能把所有請求都直接扔給數據庫，所以得引入memcached/redis之類的來作爲緩存；有了緩存，又得考慮數據的一致性問題…… 2. 數據的安全性，主從同步、數據恢復這些東西我都不是很熟，必然得有專業的DBA才行。
在整個核心支付流程之外，還得考慮支付的風險，這得在支付流程內外都安插一些環節。你所提到的https，這個是最最基本的。在網絡傳輸中被攔截數據的風險遠小於在客戶端被攔截的風險，所以你得有安全控件。這還遠遠不夠。即使密碼泄漏了，你也得用一定的方式保證用戶的資金不被任意使用，跟不用說常見的欺詐、釣魚之類風險，在這裏，安全控件也能幫上不少的忙，詳情可以參見知乎這個問題，裏面有Fenng和白鴉的回答。
除了支付，你還得考慮保障後勤工作的清算對賬，覈對支付的疏漏。比如說我在評論裏提到的，重複支付的問題是不能完全避免的，就得靠清算對賬來完成。通常支付平臺還得給商戶提供流水以供商戶覈對。