首先說一句，被坑不淺……
System32
Windows 操作系統的系統文件夾。是操作系統的神經中樞.文件夾中包含了大量的用於Windows操作系統的文件.這裏主要用於存儲 DLL 文件，控制面板小程序(.CPL), 設備驅動 (.drv), 幫助文件 (.hlp 和 .cnt), MS-DOS 工具 (.com), 語言支持文件 (.nls), 屏幕保護 (.scr), 安裝信息文件 (.inf), 以及其它用於支持,配置,或操作的文件。
注意：
不要被文件夾名字中32矇蔽了！！！在64位操作系統中，此文件夾裏的程序庫都是64位的，64位的，64位的……
SysWow64
wow,什麼是wow?
64位的Windows並不是簡單地把所有東西都編譯成64位就萬事大吉的。關於64位的CPU應該做成什麼樣子，Intel和AMD曾有各自的打算。AMD的回答直接了當：新的64位處理器，應該能在提高更高處理能力的同時，保持對32位應用程序的兼容性。而Intel則希望藉此機會，把下一代的處理器，設計得更完美。於是，就有了AMD的x86-64（後被稱爲amd64）的處理器和Intel的IA-64（安騰）處理器。和amd64不一樣的是，安騰處理器並沒有很好地提供對32位應用程序的支持。具體信息，讀者在網上應該很容易找到，也就不多說了。
Windows作爲一個操作系統，自然希望用戶在運行64位操作系統時，也能像以前一樣，運行各種32位應用程序。這一點，在amd64處理器上，相對容易做到。而安騰，幾乎是另外一回事。（後來Intel也生產了兼容amd64的處理器，但那是後話。）
雖然我說“相對”容易做到，但也不是空手套白狼。當操作系統運行在64位時，怎麼才能保證已經存在的32位應用程序以爲自己仍然運行在32位系統上呢？微軟的解決方案是：Wow64，全稱是32bit Windows On 64bit Windows（64位Windows上的32位Windows）。
你也可以這樣理解，雖然整個系統是運行在64位模式，但如果一個應該程序是32位的，Windows會在64位的基礎上，加載一個“32位的Windows”。這樣，這個32位應用程序就以爲自己是運行在32位的系統之上的。
於是，你也可以想象，這就意味着，64位的Windows，不但帶有64位操作系統應有的系統文件，還帶有32位系統應有的系統文件。
我們都知道的是，Windows系統的主要系統文件都是放在一個叫做System32的文件夾中的。爲了能同時放下兩套系統文件，Windows會在64位的系統上，增加了一個文件夾，叫SysWow64。
這便有了一個問題，System32和SysWow64裏面，哪個放的是64位的系統文件，哪個放的是32位的系統文件呢？
如果你還記得Wow64指的是64位Windows上的32位Windows，那麼，你就能會想到，SysWow64裏放的是32位的系統文件。但你也可能會問，爲什麼一個明明叫System32的文件夾裝的是64位的系統文件，而一個明明叫SysWow64的文件夾裝的卻是32位的系統文件呢？既然是64位的系統，爲什麼不能有System64和System32這樣的文件夾呢？
這個問題問得很好。答案也很簡單：人在江湖，身不由己。
兼容性
如果我問你，可曾有多少機會接觸過安騰處理器呢？我想，對於一般人來講，應該是沒有的。那爲什麼amd64會大行其道，而安騰處理器卻鮮爲人知呢？還是因爲一個軟硬件設計上的關鍵概念：兼容性。
正是因爲安騰處理器，沒有做好對已有的32位系統提供良好的支持，便其一直處於市場的邊緣。這和你不會買一臺看不了模擬信號頻道的高清電視是一個道理。
之前我們談到的兼容性，是指在64位Windows上，兼容已經有的32位應用程序。現在考慮另一種兼容性。
如果你寫了一個很牛的32位的應用程序，現在，你想把它變成64位的應用程序，以更充分地利用64位處理器所帶來的新的處理能力。你肯定覺得，這不就是讓64位編譯器編譯一遍就完了的事兒麼？可能你發現，這並不是骨感的現實。你突然發現，你的程序裏，爲了某些你已經想不起來的原因，把System32這個文件夾，寫死在了你的程序裏。而這個System32中的32，讓你很不安。你嘗試着運行了你的程序，卻發現一切正常。爲什麼呢？因爲這是Windows系統的另一個兼容性方面的努力：讓一個已有的32位應用程序，不加修改或者儘可能少地加以修改，便可以被編譯成64位應用程序並在64位Windows上運行。其實，把System32這樣的路徑，寫死在程序裏，並不是一個個案。所以，爲了保證這些應用程序可以順利地過渡到64位，Windows最後還是決定讓64位的系統文件放在System32的文件夾下。而讓32位的系統文件，搬到了SysWow64中去。
你肯定會想，那讓32位搬到SysWow64中去以後，那些寫死在32位應用程序中的System32怎麼辦？答：Windows會給他們轉向到SysWow64中去。那讓64位中的System32轉向到System64不也是一樣麼？真的一樣麼？不一樣麼？真的一樣麼？不一樣麼？真的不一樣。
作爲64位Windows操作系統，當然是希望能充分發揮64位處理器的潛力，讓應用程序更有效率地運行。如果在運行64位應用程序時，總要檢查是否需要轉向，勢必影響程序運行效率。所以，不能給64位應用程序做沒有必要的轉向，如果說必須要轉，那就只能轉32位應用程序了。是的，沒有辦法，在64位操作系統中，32位應用程序要做一些小的犧牲。
此外，爲了保證32位應用程序不與64位應用程序相沖突，除了System32文件夾外，註冊表也需要爲32位和64位提供兩套，也需要讓32位的應用程序在必要時重定向。
結論
所以SysWow64文件夾，是64位Windows，用來存放32位Windows系統文件的地方。
後記
本人被這個問題坑害不淺。寫個程序放在winXP下運行總是出現0Xc000007b的錯誤，查了好多材料，都說是我32位程序引用64位版本庫所至，於是我就傻乎乎的從原來系統的System32中去下載所謂的“32位”程序庫，結果一點兒用都沒有，鬱悶的要死……一天整個人都不好了……
本文部分參考：http://blogs.msdn.com/b/tianlin/archive/2011/10/26/syswow64.aspx