企業信息整合的困難來自於很多方面，它不是簡單的把多個系統進行界面和功能的彙集，而是要真正實現信息整合，具體的說，信息整合就是將業務應用系統的信息數據進行有機的整合集成而實現對業務應用信息數據共享的過程。
系統整合的困難主要來自於信息數據的不同、規範的不同、技術體系的不同，簡要分析如下：
1、 數據庫基礎
從已實施的多數信息系統分析，系統整合要實現真正的數據優化，必須從數據庫開始。從過去幾年主流的數據庫看，存在ORACLE，SYBASE，SQL等在應用系統中的使用均佔一定的比例，因此，企業中存在多種信息系統，就必然存在多種數據庫基礎的可能。另一方面，由於行業內部信息化統一的需求和企業與外部電子商務的需求，也會產生信息傳輸中異構數據庫的問題。
2、規範與標準
企業內部不同時期的系統之間確定的不統一，必然導致信息上所適用的規範和標準的不統一例如，銷售系統中對企業產品的編碼與財務系統中對企業產品的編碼可能是不一樣的，對於物資的管理尤其是這樣，可能存在同種物資編碼交叉和錯位的問題。
3、系統體系結構
信息系統在設計時，由於開發平臺和基於硬件體系的不同，存在C/S和B/S等不同類型的系統體系結構。對於系統的整合來講，要把不同體系結構的系統按不同的層次整合在一起，其方法和要求也不同，故而存在着不同程度的困難。
4、操作系統和網絡硬件環境
基於不同的操作系統和不同的網絡硬件環境，多個系統整合更是困難重重。不同系統的服務器，企業內部網絡與廣域網絡，遠程處理與內部處理都存在傳輸效率和數據安全的問題，要實現系統的整合，信息的暢通就必須克服硬件上和系統上的障礙。
系統整合的困難除了上述基礎性困難外，還包括各個應用信息系統中存在的重複數據錄入及查詢等重疊功能的設置問題，導致系統低效率的問題。
實現方案
1、分析總體需求，確定系統整合的原則與目標
系統整合基本目的是爲了滿足企業與業務管理的需求。進行系統整合，首先要確定系統整合的原則和目標，信息系統整合的原則要堅持實用性、先進性、可靠性和經濟性的原則。目標是滿足企業管理的需求，爲業務管理提供方便的操作、更多人性化的功能、更高的工作效率。
2、分析現有各個系統的功能設計、數據基礎、運行環境等現狀
信息系統的整合首先要對現有各個系統的情況進行詳細分析，然後再對現有各個系統的功能設計進行分類，對基礎數據和運行環境進行分析，最後按照統一的標準和規範進行規類，寫出專題的報告。
3、確定整合後系統的功能，決定系統取捨的具體內容
依據企業管理及業務流程的實際需求，設計整合後整體系統的功能設計、數據基礎以及運行環境，對現有的各個信息系統進行必要的分析、論證，圍繞新業務的需求，採取完全不用、部分使用、部分修改和開發必要接口等方式進行系統整合，逐步實現系統整合。
4、採用統一的數據標準，開發接口和新的系統來實現統一
要實現系統有效的整合，必須採用統一的數據編碼、數據標準，編制必要的接口程序，以實現數據的傳輸與標準轉換，只有統一標準的數據編碼，才能實現高效率的數據傳輸，才能實現比較協調完整的系統整合，才能形成新的系統，實現最終系統的統一，滿足新業務的需求。