首先，聲明一下，三層是三層，MVC是MVC，這倆是毫無關係的。
三層是從整個應用程序架構的角度來分的三層（如果程序需要，還可以分多層）。
三層架構通常包括表示層，業務邏輯層以及數據訪問層。雖然三層架構將系統在邏輯上分成了三層，但是它並不是物理上的分層。也就是說，對不同層的代碼而言，經歷編譯、打包、部署後，所有的代碼最終還是運行在同一個進程中。 MVC是一種設計模式，一種思想，是存在於應用程序（B/S結構：又稱之瀏覽器/服務器）的視圖層劃分出來的不同功能的幾個模塊。
MVC主要是爲了解決應用程序用戶界面的樣式替換問題，把展示數據的 HTML 頁面儘可能的和業務代碼分離。MVC把純淨的界面展示邏輯（用戶界面）獨立到一些文件中（Views），把一些和用戶交互的程序邏輯（Controller）單獨放在一些文件中，在 Views 和 Controller 中傳遞數據使用一些專門封裝數據的實體對象，這些對象，統稱爲Models。
只所以說MVC和三層毫無關係，是因爲它們二者使用範圍不同：三層可以應用於任何語言、任何技術的應用程序；而MVC只是爲了解決BS應用程序視圖層各部分的耦合關係。它們互不衝突，可以同時存在，也可根據情況使用其中一種。
對於，我們JAVA開發者來說：
三層架構是界面層（Web）業務邏輯層（Service）和數據訪問層（Dao）構成的
MVC設計模式是模型層（Model）界面層（View）和控制層（Controller）構成的，而且他們之間也不對應。
總結:
① 三層架構是Java體系獨有的專有名詞，MVC在其他語言中也是存在的設計模式。
② 三層架構是採用分層思想，減輕類與類(接口)之間的耦合，通俗的說是爲了減輕代碼之間的依賴性，避免產生牽一髮而動全身的後果。而MVC意在將後端代碼和前臺展示代碼進行了分離。JavaBean既是一個封裝的java對象，View是用來給前臺客戶端顯示反饋的頁面，採用Jsp來完成。而前臺的代碼與後端的邏輯代碼之間的交互工作就交付給了Servlet。
運作流程:Servlet接受到前臺的傳遞的數據進行傳遞給業務邏輯層Service層，Service層處理完畢傳遞給數據庫訪問Dao，Dao通過Jdbc或者持久化將數據注入到數據庫中去，繼而反饋給Service層，Service層響應給Servlet，Servlet返回給Jsp頁面。
如下圖所示：
是不是頓時感到世界明朗了，對分層又深入瞭解了一步。