“我想做信號通路分析，但我就是不想學編程。”
“我又不是生信狗，學代碼會死。”
“你們這些做生信的，整天把數據分析搞得神神祕祕，不就是怕被人搶飯碗而已嘛。”
“這都沒分析出我想要的結果，不靠譜。”
“你們做生信的不都是寫好pipeline的嗎？怎麼那麼久還沒分析好？”
……
……
……
哦……
科研日常問題：我有一張基因/蛋白列表，想知道富集在什麼通路上，如何做？
這篇文章就教大家，如何一句代碼都不用敲，通過簡單的複製粘貼還有點兩下鼠標，就能實現通路富集的分析。
Metascape
1
http://metascape.org/gp/index.html#/main/step1
Metascape的主界面長這樣，操作起來非常簡單，只需要按照提示，一步一步進行操作即可。數據庫更新得很勤，不怕落伍。
首先在Step 1那裏，粘貼你的基因列表。然後Step 2會問你是什麼物種。Step 3點Express Analysis。然後就自動出結果了，輸出的圖片顏值很高，還能下載原始的excel表回去自己作圖，還能自動導出成漂釀的成套的ppt結果彙報……是不是so easy！！！
氮素！！！
Metascape有一個不是很討喜的地方，就是默認的Express Analysis，總是喜歡把各個數據庫的信號通路混一起分析，這樣很容易出現，某些非常general的數據庫，就容易搶戲，出現各種冗餘。比如說，下面這個結果，就是默認把Reactome、CORUM和GO數據庫全部給攪在一起展示了。
當然，這並不是不可破解的問題。只要在Step 3那裏，點擊Custom Analysis，然後在Enrichment的選項卡里，勾選你想要的數據庫就好了。
目前，Metascape支持不少流行的數據庫，比如Hallmark Gene Sets、Reactome等，還有我最不愛用的GO和KEGG。至於其他參數是啥意思，不懂話就佛系對待吧，別改了。。。
之前在《拿到基因兩眼一抹黑？沒關係，先做個基因富集分析吧！》一文裏除了介紹了Metascape還介紹了另外一個在線富集分析軟件DAVID，網站：https://david.ncifcrf.gov/。正好本文未提到，做個補充。如果嫌這個更新慢，去東方，最好用的在線GO富集分析工具每週更新。
Enrichr
2
如果嫌Metascape的數據庫少，那就試試數據庫多到上天的Enrichr吧。
http://amp.pharm.mssm.edu/Enrichr/
Enrichr的界面更加清爽了，只需要你把基因/蛋白列表貼進去然後點submit就完事了。
我第一次用Enrichr就被震驚了！
這也太多數據庫了吧！！！
以上只列出了其中三頁數據庫，即轉錄調控、信號通路、基因本體，後面還有疾病/藥物，細胞類型，還有一些雜七雜八的，甚至連過期數據庫都有。而且數據同樣支持導出。
氮素！！！
如果你用了就知道，Enrichr根本就沒問你，貼的基因到底是個啥物種。因此，這個程序有個很坑的地方，就是把所有物種的數據庫全部混一起分析了……比如下面這個WikiPathways分析，就把人和小鼠的結果一起展示了……（並且未知這種混合，是否會影響通路富集分析的結果）
此外，由於Enrichr的數據庫太多，所以更新不是很及時。比如上面展示的WikiPathways，還是2016年的，而這兩年WikiPathways的更新頻率幾乎是月更。
ConsensusPathDB
3
http://cpdb.molgen.mpg.de/
CPDB是德國人開發的，界面長這樣，不算很直觀。但數據庫量一樣很大，整合了32個數據庫。想做信號通路富集分析，點左邊的over-representation analysis，貼上列表，選擇數據類型（到底是gene id，還是symbol，還是別的什麼），然後提交就好了。
下一步，就是選要用哪些數據庫來分析。
最好還是一次只選一個，因爲不知道原始的程序設計是如何的，到底是各個數據庫獨立分析，還是跟metascape默認一樣，全部混一起。整體而言，分析速度極快，使用起來也很方便。
氮素！！！
CPDB只支持分析人類基因……
總結
4
以上這些工具的分析結果，在調教好參數的情況下（比如p值 cut-off，數據庫類型），各個網站出來的結果沒太大區別，所以算法上應該都是靠譜的。我拿同一套東西跑ClusterProfiler，結果也是沒差多少。
這幾個數據庫都有什麼優缺點呢？
Metascape：支持物種多，數據庫更新非常及時，且導出的數據顏值高，甚至可以直接發表。但是支持數據庫較少，而且在國內打開較慢，且運行速度有時候較慢（畢竟分析完後還要生成pdf、excel、ppt還順便打成壓縮包那麼一大堆東西）。
Enrichr：數據庫多到上天，分析速度還行。但是不支持選擇特定物種，默認就是多物種的數據庫混一起的，同時部分數據庫更新不夠及時。
CPDB：速度快，支持非常多的數據庫，更新還算勤，幾個月更一次吧。但只能分析人類基因。
總體而言，Metascape還是最好用的，畢竟支持的物種比較多，人、鼠、斑馬魚、果蠅、線蟲、瘧原蟲、酵母、擬南芥都有。雖然支持的數據庫不算多，但簡單過一遍分析，看看有什麼通路冒出來，也算是勉強夠用。
那有沒有支持的物種多、數據庫多、更新勤、速度快，甚至能夠做非模式生物、自定義通路數據庫的在線工具呢？
學R語言，然後琢磨一下ClusterProfiler這個神包吧。
PS：我自己喜歡用的通路數據庫是Reactome（沒錢買KEGG怎麼辦？REACTOME開源通路更強大），WikiPathways，HumanCyc（雖然免費的庫比較舊），還有Hallmark gene sets。雖然ClusterProfiler只有Reactome（額外再下個包），但只要去下載對應的數據庫，用其中的通用enrichment分析函數enricher，就可以任性分析了。