（1）打開php的安全模式
php的安全模式是個非常重要的內嵌的安全機制，能夠控制一些php中的函數，比如system()，同時把很多文件操作函數進行了權限控制，也不允許對某些關鍵字文件的文件，比如/etc/passwd，但是默認的php.ini是沒有打開安全模式的，我們把它打開：
safe_mode = On
（2）用戶組安全
當safe_mode打開時，safe_mode_gid被關閉，那麼php腳本能夠對文件進行訪問，而且相同組的用戶也能夠對文件進行訪問。而且相同組的用戶也能夠對文件進行訪問。
建議設置爲：
safe_mode_gid = Off
如果不進行設置，可能我們無法對我們服務器網站目錄下的文件進行操作了，比如我們需要對文件進行操作的時候。
（3）安全模式下執行程序主目錄
如果安全模式打開了，但是卻是要執行某些程序的時候，可以指定要執行程序的主目錄：
safe_mode_exec_dir = /var/www/html
一般情況下是不需要執行什麼程序的，所以推薦不要執行系統程序目錄，可以指向一個目錄：然後把需要執行的程序拷貝過去，比如：
safe_mode_exec_dir = /var/www/html
但是，我更推薦不要執行任何程序，那麼就可以指向我們網頁目錄：
safe_mode_exec_dir = /var/www/html
（4）安全模式下包含文件
如果要在安全模式下包含某些公共文件，那麼就修改一下選項：
safe_mode_include_dir = /var/www/html
其實一般php腳本中包含文件都是在程序自己已經寫好了，這個可以根據具體需要設置。
（5）控制php腳本能訪問的目錄
使用open_basedir選項能夠控制PHP腳本只能訪問指定的目錄，這樣能夠避免PHP腳本訪問不應該訪問的文件，一定程序上顯示了phpshell的危害，我們一般可以設置爲只能訪問網站目錄：
open_basedir = /var/www/html
（6）關閉危險函數
如果打開了安全模式，那麼函數禁止是可以不需要的，但是我們爲了安全還是考慮進去。比如，我們覺得不希望執行包括system()等在內的執行明瞭的php函數，或者能夠查看php信息的phpinfo()等函數，那麼我們就可以禁止它們：
disable_functions = system, passthru, exec, shell_exec, popen, phpinfo, escapeshellarg, escapeshellcmd, proc_close, proc_open, dl
如果你要禁止任何文件和目錄的操作，那麼可以關閉很多文件操作
disable_functions = chdir, chroot, dir, getcwd, opendir, readdir, scandir, fopen, unlink, delete, copy, mkdir, rmdir, rename, file, file_get_contents, fputs, fwrite, chgrp,chmod, chown
以上只是列了部分比較常用的文件處理函數，你也可以把上面執行命令函數和這個函數結合，就能給抵制大部分的phpshell了。
（7）關閉php版本信息在http頭中的泄露
我們爲了防止***獲取服務器中php版本的信息，可以關閉該信息泄露在http頭中：
expose_php = Off
比如***在 telnet www.girlcoding.com:80 的時候，那麼將無法看到PHP的信息
（8）關閉註冊全局變量
在PHP中提交的變量，包括使用POST或者GET提交的變量，都將自動註冊爲全局變量，能夠直接訪問，這是對服務器非常不安全的，所以我們不能讓它註冊爲全局變量，就把註冊全局變量選項關閉：
register_globals =Off
當然，如果這樣設置了，那麼獲取對應變量的時候就要採取合理方式，比如獲取GET提交的變量var，那麼就要用$_GET['var']來進行獲取，這個php程序員要注意。
（9）打開magic_quotes_gpc來防止SQL注入
SQL注入是非常危險的問題，小則網站後臺被***，重則整個服務器淪陷，所以一定要小心。php.ini中有一個設置：
magic_quotes_gpc = Off
這個默認是關閉的，如果它打開後將自動把用戶提交對sql的查詢進行轉換，比如把’轉爲\’等，這對防止sql注入有很大作用，所以我們推薦設置爲：
magic_quotes_gpc = On
有次程序在本地的上傳不好用了，但在服務器上好使~也可能是繼承了discuz的核心文件造成的，獲取路徑出現了問題，後來打開這個參數，問題解決了。
（10）錯誤信息控制
一般php在沒有連接到數據庫或者其他情況下會有錯誤提示，一般錯誤信息中會包含php腳本當前的路徑信息或者查詢的SQL語句等信息，這類信息提供給***後，是不安全的，所以一般服務器建議禁止錯誤提示：
display_errors = Off
如果你確實要顯示錯誤信息，一定要設置顯示錯誤的級別，比如只顯示警告以上的信息：
error_reporting = E_WARNING & E_ERROR
當然，我還是建議關閉錯誤提示。
（11）錯誤日誌
建議在關閉display_errors後能夠把是錯誤信息記錄下來，便於查找服務器運行的原因：
log_errors = On
同時也要設置錯誤日誌存放的目錄，建議根apache的日誌存在一起：
error_log = /usr/local/apache2/logs/php_error.log