signapk.jar與eclipse export插件默認賦予程序一個DEBUG權限的簽名
signapk.jar包含有系統權限（system api, permission），而eclipse export插件默認賦予程序一個DEBUG權限的簽名。
D:\work_feixun\GalleryBack>java -jar signapk.jar platform.x509.pem platform.pk8 D:\work_feixun\Gallery2\bin\Gallery.apk Gallery_signed.apk
注：
signapk.jar 位於 out/host/linux-86/framework/signapk.jar
platform.x509.pem platform.pk8 位於 build/target/product/security/platform.x509.pem, platform.pk8
Gallery.apk的生成，先在eclipse中對project->clean，然後 run ->android application.在bin目錄下會生成Gallery.apk。
最後
D:\work_feixun\GalleryBack>java -jar signapk.jar platform.x509.pem platform.pk8 D:\work_feixun\Gallery2\bin\Gallery.apk Gallery_signed.apk
這樣包含有系統權限的簽名apk就完成了。
我是在AndroidManifast中添加android.permission.WRITE_MEDIA_STORAGE時出現
permission is only granted to system apps.
from:http://blog.csdn.net/tangmin0719/article/details/8916417
一、爲什麼要簽名
開發Android的人這麼多，完全有可能大家都把類名，包名起成了一個同樣的名字，這時候如何區分？簽名這時候就是起區分作用的。
由於開發商可能通過使用相同的Package Name來混淆替換已經安裝的程序，簽名可以保證相當名字，但是簽名不同的包不被替換。
APK如果使用一個key簽名，發佈時另一個key簽名的文件將無法安裝或覆蓋老的版本，這樣可以防止你已安裝的應用被惡意的第三方覆蓋或替換掉。
這樣簽名其實也是開發者的身份標識。交易中抵賴等事情發生時，簽名可以防止抵賴的發生。
二、簽名的注意事項
Android系統要求所有的程序經過數字簽名才能安裝，如果沒有可用的數字簽名，系統將不許安裝運行此程序。不管是模擬器還是真實手機。因此，在設備或者是模擬器上運行調試程序之前，必須爲應用程序設置數字簽名。
Android簽名的數字證書不需要權威機構來認證，是開發者自己產生的數字證書，即所謂的自簽名。數字證書用來標識應用程序的作者和在應用程序之間建立信任關係，而不是用來決定最終用戶可以安裝哪些應用程序。
系統僅僅會在安裝的時候測試簽名證書的有效期，如果應用程序的簽名是在安裝之後纔到期，那麼應用程序仍然可以正常啓用。
可以使用標準工具-Keytool and Jarsigner-生成密鑰，來簽名應用程序的.apk文件。
簽名後需使用zipalign優化程序。
模擬器開發環境，開發時通過ADB接口上傳的程序會先自動被簽有Debug權限，然後才傳遞到模擬器。Eclipse菜單的Window -> Preferences -> Android –> Build 下顯示的是我們默認的調試用的簽名數字證書。
正式發佈一個Android應用時，必須使用一個合適的私鑰生成的數字證書來給程序簽名，不能使用ADT插件或者ANT工具生成的調試證書來發布。
三、簽名方法：
1.使用Keytool 和jarsigner工具簽名（在jdk/bin目錄下）
1.生成簽名keystore：
確保電腦上安裝了JDK，因爲我們將使用JDK自帶的創建和管理數字證書的工具Keytool。在命令行下輸入如下命令：
keytool -genkey -v -keystore app.keystore -alias alias_name -keyalg RSA -validity 20000
-alias 後面跟的是別名這裏是alias_name
-keyalg 是加密方式這裏是RSA
-validity 是有效期這裏是20000
-keystore 就是要生成的keystore的名稱這裏是app.keystore
然後按回車鍵
按回車後首先會提示你輸入的密碼：這個在簽名時要用的，要記住
然後會再確認你的密碼。
之後會依次叫你輸入姓名、組織單位、組織名稱、城市區域、省份名稱、國家代碼（CN）等。
Keytool的詳細參數請參考：
http://www.android123.com.cn/androidkaifa/173.html
2.簽名：
jarsigner -verbose -keystore app.keystore -signedjar app_signed.apk app.apk alias_name
-keystore: keystore的名稱
-signedjar app_signed.apk: 指定簽名後生成的APK名稱
app.apk: 目標APK
然後按回車：會要求輸入剛纔設置的密碼，輸入後按回車就開始簽名了。
3.查看簽名：
jarsigner -verify app_signed.apk
查看是否簽名，如果已經簽名會打印 "jar verified".
jarsigner -verify -verbose -certs app_signed.apk
查看簽名詳細信息。
4.通過zipalign工具進行優化apk(android自帶的工具，./build/tools/zipalign)
zipalign -v 4 app_signed.apk androidres.apk 對apk優化
zipalign -c -v 4 androidres.apk 查看apk是否經過優化
2.使用eclipse ADT工具簽名
在Package Explorer 窗口，右鍵，選擇Android Tools--->Export Signed Application Package 然後按照提示一步一步，生成已簽名的apk。通過eclipse也可以導出未簽名的APK文件。
注：需要輸入兩次密碼，第一次是私鑰密碼，第二次時私鑰別名的密碼。
3.eclipse在debug模式下自動簽名（無須手動配置）：
在debug模式下用eclipse 的ADT爲android簽名，只要應用程序在eclipse下開發，系統就會自動給apk簽名和優化。
在Eclipse中Windows > Preferences > Android > Build可以看到你keysotre的位置；
四、生成Android系統簽名
上面講的Android數字簽名大多是與Android APK相關，做CTS 認證時，需要用到Android系統簽名。爲什麼需要給Android系統籤個名才能進行CTS認證呢？原來我們通過make -j4編譯出來的system.img使用的是test key,這種類型的key只適用於開發階段，而且這種祕鑰是公開的，誰都可以使用。當發佈一款android產品，就需要另外給整個系統籤個名，防止被別人盜用。這種系統就是release版本的Android系統。
1、生成加密key文件
要對Android系統進行簽名，需要生成四種類型的key文件。
a)releasekey （testkey）
b)media
c)shared
d)platform
1）進入/android_src/development/tools目錄。
2）使用make_key工具生成簽名文件。需要分別生成 releasekey，media，shared，platform。
./make_key releasekey '/C=CN/ST=JiangSu/L=NanJing/O=Company/OU=Department/CN=Your Name/emailAddress=YourE-mailAddress' （系統將會提示輸入針對各種key的密碼，按照提示輸入即可）
將會生成 releasekey.pk8 和 releasekey.x509.pem文件，其中 *.pk8是生成的私鑰，而*.x509.pem是公鑰，生成時兩者是成對出現的.
注：如果出現 openssl : relocation error :openssl : symbol ...嘗試用 sudo 執行命令，問題解決了！
2.回到根目錄android_src。
命令執行的時候都最好在工程的根目錄下執行，要不然腳本用到的某些文件找不到的。
3.編譯系統
make -j4 PRODUCT-generic-user dist
其中generic 表示生成的TARGET_PRODUCT類型爲generic，
user代表TARGET_BUILD_VARIANT爲user版本。
編譯完成之後回在android_src/dist/目錄內生成個product_generic-user_files開頭的zip文件.這就是我們需要進行簽名的文件系統.
4.開始簽名
./build/tools/releasetools/sign_target_files_apks -d key_directory/ out/dist/product_modul-target_files.zip out/dist/signed_target_files.zip
通過sign_target_files_apks 腳本，完成android系統的簽名工作.
key_directory/ 表示key所在的目錄。
out/dist/product_modul-target_files.zip 源文件。
out/dist/signed_target_files.zip 生成簽名的目標文件。
可能會出現：
ERROR: no key specified for:
CalendarWidget.apk
Contacts_yellowpage.apk
SnsAppMain.apk
這表示，簽名並沒有成功,原因是由於有些apk程序已經簽過名了或者找不到對應的key. 這需要我們對apk設置過濾,不對上面的應用進行簽名.方法如下:
通過參數"-e <apkname>=" 來過濾這些應用.
./build/tools/releasetools/sign_target_files_apks -d key_directory/ -e CalendarWidget.apk= -e Contacts_yellowpage.apk= -e SnsAppMain.apk= -e out/dist/product_modul-target_files.zip out/dist/signed_target_files.zip
輸入該命令時會提示輸入key的密碼，會出現四次密碼輸入提示。分別爲四種類型的key的密碼。
5.生成p_w_picpath文件
./build/tools/releasetools/img_from_target_files out/dist/signed-target-files.zip signed-img.zip
用img_from_target_files 命令對生成的igned-target-files.zip文件進行打包，signed-img.zip包含了boot.img,userdate.img,system.img文件等.
6.通過fastboot下載signed-img.zip文件
fastboot update signed-img.zip
通過fastboot就可以把簽了名的系統文件燒到手機上了。
五、幾個問題：
1.make_key 和Keytool兩種方式生成的key有何區別：
Keytool 位於%JAVA_HOME%/bin目錄下，用於管理密鑰、證書和證書鏈。JavaSE6中的Keytool已經改變，還可以用來管理對稱加密算法中的密鑰。它生成的mykey.keystore包括公鑰、私鑰和證書。
make_key 位於source_src/development/tools 目錄下，通過調用openssh生成公鑰和私鑰，所以生成*.x509.pem和*.pk8的密鑰對。
2.用make_key生成的密鑰對，對apk進行手動簽名：
通過signapk.jar 工具對apk簽名，用法：signapk [-w] publickey.x509[.pem] privatekey.pk8 input.jar output.jar
java -jar out/host/linux-x86/framework/signapk.jar releasekey.x509.pem releasekey.pk8 source.zip source-signed.zip
signapk.jar可以自己編譯，源碼在build/tools/signapk目錄下。
3.android源碼編譯make 時，對所有應用簽名規則：
系統在編譯的時候，讀取build/core/package.mk文件，根據LOCAL_CERTIFICATE的值在build/target/product/security/目錄下選擇相應的簽名。LOCAL_CERTIFICATE值從各應用的Android.mk文件中讀取，如果Android.mk文件中沒有該屬性，則默認爲testkey。
六、常見異常：
1.如果遇到了ZipException invalid entry compressed size的錯誤方法
主要原因是平時Eclipse使用的ADT插件已經賦予了DEBUG權限的數字簽名，我們可以通過導出一個未簽名的APK文件就可以解決。
2.使用jarsigner工具來簽名，出現無法對jar 進行簽名：java.util.zip.ZipException: invalid entry compressed size (expected xxx but got xxx bytes)這樣的提示。
這些問題主要是由於資源文件造成的，對於android開發來說應該檢查res文件夾中的文件，逐個排查。這個問題可以通過升級系統的JDK和JRE版本來解決。
3.安裝apk過程中出現：INSTALL_PARSE_FAILED_INCONSISTENT_CERTIFICATES。
這樣的問題主要是簽名衝突造成的，比如你使用了ADB的debug權限簽名，但後來使用標準sign簽名後再安裝同一個文件會出現這樣的錯誤提示，解決的方法只有先老老實實從手機上卸載原有版本再進行安裝，而adb install -r參數也無法解決這個問題。adb uninstall 卸載原來的應用。
轉載自:http://www.cnblogs.com/wanqieddy/p/3556060.html