kraken建庫錯誤

kraken 出現錯誤

運行命令kraken-build --standard --threads 24 --db MY_KRAKEN_DATABASE，返回錯誤：

Found jellyfish v1.1.12
--2019-04-26 16:43:23--  ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/taxonomy/accession2taxid/nucl_est.accession2taxid.gz
           => “nucl_est.accession2taxid.gz”
正在解析主機 ftp.ncbi.nlm.nih.gov (ftp.ncbi.nlm.nih.gov)... 130.14.250.13, 2607:f220:41e:250::11
正在連接 ftp.ncbi.nlm.nih.gov (ftp.ncbi.nlm.nih.gov)|130.14.250.13|:21... 已連接。
正在以 anonymous 登錄 ... 登錄成功！
==> SYST ... 完成。   ==> PWD ... 完成。
==> TYPE I ... 完成。 ==> CWD (1) /pub/taxonomy/accession2taxid ... 完成。
==> SIZE nucl_est.accession2taxid.gz ... 完成。
==> PASV ... 完成。   ==> RETR nucl_est.accession2taxid.gz ...
文件 “nucl_est.accession2taxid.gz” 不存在。

查看NCBI ftp數據庫後發現，est 和gss文件ncbi不再提供，因此需要修改kraken相關配置文件：

搜索並修改download_taxonomy.sh文件，註釋掉第22、24行

Ref：https://github.com/DerrickWood/kraken/commit/69a682775754676a44139a1826a63f0dd9674f4c