如前所述，用SPM進行數據處理分析過程主要分爲兩大部分：預處理過程和統計分析過程。
預處理過程已經在前兩篇裏完成啦，接下來是統計分析過程。
參數估計：
在spm8中選擇Specify 1st-level
即以前版本的“fMRI model”，spm5 和spm8 中的分析選項有所變化，使用Specify 1st level 做單個被試(single subject)分析；使用Specify 2nd level做組分析(group analysis)。我們選擇“Specify 1st level”，出現一個對話框，設置參數如下：
Directory：指定一個文件夾存放結果數據，如放在data3D文件夾中；
Units for design選擇“Scans”-----[如選 scans （對events，事件相關），其後 durations 的時間按 TR 的倍數計算 ；如選 seconds ，則以秒爲單位計算 ]
Interscan interval（即TR）輸入“2”
Microtime resolution --- [通常默認爲 16 ，除非 TR 很長 ]
Microtime onset --- [在 ER 設計中， slice timing 時， reference slice 的掃描次序，例如 reference slice 爲第 25 層，是第 13 個掃描的，這裏就填 13 ]
“Data & Design”選擇“New Subject/Session”，再選擇新出現的“Subject/Session”，
選擇“Scans”並用文件選擇器選擇相應任務的所有平滑後的功能圖像（swra*.img）
然後點擊“down”，選擇“Condition”後選擇“New condition”，然後選中新出現的“Condition”，
“Name”選項輸入任務條件的名稱，
“Onsets”輸入任務條件的啓動向量，代表任務刺激啓動的掃描數，【如1:14:70 ，代表任務從第 1個 TR 開始，每 14 個 TR 爲一個週期，共 70 個 TR 】
選中“Durations”--- [ER 設計填 0、block 設計填刺激任務的持續時間 ，注意前面 Units for design 的選擇！！ ] 輸入任務組塊的持續時長，如是事件相關設計請輸入“0”。如還有其他任務，要再次選中“Condition”——“New condition”——“Condition”定義其他任務條件。
設置完畢後點擊綠三角運行。
這樣將會在開始選擇的目錄中生成文件spm.mat.
下面要估計我們剛建立的模型，在模型設置面板中點擊“estimate”，將打開一個對話框，
很簡單，我們只須選擇剛生成的“spm.mat”文件點擊“down”然後點擊綠三角運行即可。
估計完成後，我們選擇“results”，將打開又一個對話框，
圖中設計矩陣表明一個掃描序列中我們有三個任務條件，均爲事件相關設計，選中“t—contrasts”，點擊“define new contrast”, 第一個任務“contrast”定義爲“1”， 第二個任務定義爲“0 1”，第三個任務nn 定義爲“0 0 1”，第一個任務減第三個任務定義爲“1 0 -1”，第二個任務減第三個任務定義爲“0 1 -1”，第二個任務減第一個任務定義爲“-1 1”，其餘操作以及激活圖顯示和以前版本都是一致的。
值得我們注意的是，我們指定或輸入一系列的參數來進行每一步的處理，完成後我們可以通過Save按鈕將每一步存爲一個*.mat文件。以後我們可以通過Load按鈕重新加載並使用這些*.mat文件，我們適當修改後（例如改變所運行的數據集）再選擇Run按鈕運行。
另外我們可以使用TASKS菜單項指定一系列的操作(預處理和/或分析)，在TASKS->Batch菜單項下，你可以在一個大文件中指定數據處理所有步驟。批處理交互界面非常靈巧。它知道根據指定的步驟將產生什麼文件。例如，在Tasks->Batch,菜單項下，選擇New "Spatial"。在你的SPM任務樹(Jobs tree)中選擇(highlight) -Spatial ，並從選項面板中選擇New "Realign" 選項指定我們前述的realignment的詳細步驟。現在，當我們向任務樹中添加標準化步驟時，我們將看見爲標準化操作選擇r*文件的選項，儘管事實上，我們還沒有真的生成r*文件。所以，批處理非常智能，可以預測我們的需要。如果我們已經生成了幾個批處理任務文件，我們可以使用TASKS->Util->Execute
Batch Jobs選項來運行它們。該工具允許我們選擇一系列的mat文件(不一定是batch jobs文件)來運行。如果你懷念舊版本SPM操作界面，在TASKS菜單下，選擇Sequential，這樣就不會出現樹(tree)，選項將會出現在SPM輸入窗口。
說明： （1）定義對比 ，一般 0不用輸，要看超過基線或 control 的部分， contrast 選 1，反之可以選 -1；
（2）extent threshold ：範圍的閾值，定義多少個連在一起有意義的體素數目纔不認爲有可能是噪聲。這個數值的選擇一般要結合選定的P值和 smooth 中 FWHM 值來定。
（3）Overlays中選擇 slice 查看 2D 激活圖 、選擇 sectors 查看 3D 激活圖，文件選擇經標準化後的3D文件，以 wms 開頭；也可選Render，在spm8工具箱中的render中的三個模板，用以查看在玻璃腦中的激活圖。
（4）標準化後的圖像結果還可以用 MSU 插件（ toolbox ）來獲得每一個 激活區的大小（體素個數）和相應的座標以及對應的腦功能區域或解剖結構。
終於copy完了。。。
