下圖說明數據流如何貫穿整個系統：
- index.php 作爲前端控制器，初始化運行 CodeIgniter 所需要的基本資源。
- Router 檢查 HTTP 請求，以確定誰來處理請求。
- 如果緩存(Cache)文件存在，它將繞過通常的系統執行順序，被直接發送給瀏覽器。
- 安全(Security)。應用程序控制器(Application Controller)裝載之前，HTTP 請求和任何用戶提交的數據將被過濾。
- 控制器(Controller)裝載模型、核心庫、輔助函數，以及任何處理特定請求所需的其它資源。
- 最終視圖(View)渲染髮送到 Web 瀏覽器中的內容。如果開啓緩存(Caching)，視圖首先被緩存，所以將可用於以後的請求。