在單機上安裝、配置MPI 並行環境
1 Linux 的安裝
可以安裝任何Linux 發佈版, 推薦RedHat-9
一些必須安裝的包(關於如何用RedHat 的rpm 命令安裝軟件包可參看Maximum RPM)
gcc 包GNU C, 用於C 程序的編譯
gcc-g77 包GNU Fortran 77, 用於Fortran 程序的編譯
rsh 包和rsh-server 包用於啓動MPI 進程
配置rsh-server, 下面的操作必須以root 身份執行。
– 編輯文件/etc/hosts.equiv, 在其中加上本機主機名(單獨佔一行)。如果該文件不存在則創建一個。
– 開啓rsh 服務:
/sbin/chkconfig rsh on
– 測試rshd 的配置。以普通用戶(非root) 登錄並運行命令:
rsh 主機名/bin/hostname
如果配置正確該命令應該顯示本機主機名。如果出錯可查看/var/log/messages 文件中的錯誤信息。
– 注意保證shell 初始化文件(.cshrc, .profile, .bashrc 等) 不要往stdout 和stderr 輸出任何信息，即上述命令的輸出除了主機名外不應該有任何其它內容。否則可能影響MPI 進程的啓動。
2 MPICH 的安裝
MPICH 的手冊在源程序的doc 目錄中。
從網址http://www-unix.mcs.anl.gov/mpi/mpich/ 處下載MPICH 最新版本的源程序, 文件名爲mpich-1.x.x.tar.gz, 其中1.x.x 爲MPICH 的版本號(目前的最新版本爲1.2.5)。在下面描述的過程中需用MPICH 的實際版本號替換1.x.x
展開MPICH 源程序:
tar xzpvf mpich-1.x.x.tar.gz
配置、編譯MPICH:
cd mpich-1.x.x
./configure -prefix=/usr/local/mpi --disable-weak-symbols
make
上述命令生成的MPICH 庫應該使用ch_p4 進行底層通信。
選項--disable-weak-symbols 的使用是爲避免MPICH 1.2.5 的一個bug, 否則產生的庫中
將沒有MPI_File_xxxx 等函數(只有PMPI_File_xxx 等函數)
安裝MPICH:
make install
這一步必須以root 身份執行, 它將MPICH 的文件安裝到目錄/usr/local/mpi 中。安裝完畢後可以刪除MPICH 源文件目錄。
分別將“/usr/local/mpi/bin” 和“/usr/local/mpi/man” 加入到環境變量PATH 和MANPATH 中。
只需在目錄/etc/profile.d 中創建兩個文件mpich.sh 和mpich.csh, 它們分別對Bourne shell和C shell 起作用, 這兩個文件的內容如下:
– /etc/profile.d/mpich.sh :
#!/bin/bash
export MANPATH=${MANPATH}:/usr/local/mpi/man
export PATH=${PATH}:/usr/local/mpi/bin
– /etc/profile.d/mpich.csh :
#!/bin/csh
if ( $?MANPATH == 0 ) then
setenv MANPATH :/usr/local/mpi/man
else
setenv MANPATH ${MANPATH}:/usr/local/mpi/man
endif
setenv PATH ${PATH}:/usr/local/mpi/bin
測試MPICH:
C 程序
cp /usr/local/mpi/examples/cpi.c .
mpicc -o cpi cpi.c .
mpirun -np 1 cpi
mpirun -np 2 cpi
Fortran 程序
cp /usr/local/mpi/examples/pi3.f .
mpif77 -o pi3 pi3.f .
mpirun -np 1 pi3
mpirun -np 2 pi3
(程序運行過程中依次輸入10000 和0)。
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