muscle多序列比對簡單應用

沒有深入研究，只想對多序列做個比對，然後分組，具體命令如下：

1、多序列比對（數據量不大，曾經用了一個挺大的，直接吐核，放棄了，網上有說多線程操作，沒有用，照例吐）

muscle -in seqs.fa -out seqs.afa

 

對於大數據集可以使用（我用了，直接報錯，不知道咋回事，希望能有成功的寶寶）

 muscle -in seqs.fa -out seqs.afa -maxiters 2

2、序列轉變爲clustalw格式

muscle -in seq.afa -clw  -out seq.clw

因爲clw文件是分段顯示的，我用python做了合併，輸出整體序列比對結果（很不幸，這次比對不太好，我大概要棄了muscle,試下cd-hit,實在不行還得後續想辦法，哭泣。。。）

import json
dict={}
with open('seq.clw','r')as js:
    for line in js.readlines():
        print(line)
        if line.isspace():
            continue
        else:
            s=line.split( )
            print(s)
            if s[0] in dict.keys():
                dict[s[0]]=dict[s[0]]+s[1]
            else:
                dic={s[0]:s[1]}
                dict.update(dic)
js.close()
filew=open('catclw.clw','w')
for key in dict.keys():
    filew.write(key+" "+dict[key]+"\n")
filew.close()

 

3、根據多重比對結果構建UPGMA樹

 

muscle -maketree -in seqs.afa -out seqs.phy