本人在做課題時候遇到一個問題，對於分子動力學（MD）把文件轉換成gromacs可用文件時：
我們用某些軟件生成PDF文件，但如果超過10000個原子，那麼生成的PDF文件關於鍵連接的時候，會連結在一起
我們想要通過MKTOP文件轉換PDB爲TOP，從而通過gromacs跑程序，我們必須的做一些修改。否則直接報錯爲
You said we could use PDB Conect information (default choice) but we did not find information for atom 10000.
研究了一下源代碼，人家是通過空格分離數字的，所以會報錯
（1）把所有的數字後面加入空格
（2）我們加入空格之後，如果直接放入到MKTOP中運行，那肯定報錯：
Defining bond orders for alkene carbons...
Defining bonded terms...
Illegal division by zero at ./mktop_2.2.1.pl line 2770, <FF> line 1309.
分析源代碼可知，這個原因是2770行的除數爲0，爲啥，因爲我們只有一條鍵連接的原子後面有空格，然後默認第三個值爲0了
（3）去除空格，通過CTRL+F，然後選擇替換，在 “查找目標” 上面輸入： \r\n
“替換爲" 輸入：\r\n
注意，在查找目標中\r\n最前面多一個空格，替換爲裏面沒有空格！！！！！！
查找模式爲拓展，勾上選區範圍內，之後手動選中10000以後的那些CONECT，一口氣替換掉所有
接下來，放入LINUX中運行把，肯定不會出錯了！
PS：不要忘記，可能在第10000個原子的前面會有一個額外的原子需要手動的加個或減一個空格哈！
最後，用vim去除裏面的^M，打開用MKTOP生成的文件，然後輸入" :%s/^M//g " ，這裏面的^M，必須使用鍵盤按CTRL+v，然後按CTRL+M輸入，這樣TOP文件就生成啦！