Windows環境配置 1
安裝Fortran編譯器
編譯，是指從源代碼（通常爲高級語言）到能直接被計算機或虛擬機執行的目標代碼（通常爲低級語言或機器語言）的翻譯過程。顧名思義，Fortran編譯器是用來編譯Fortran語言的程序。（注：Fortran是Formula Translation的縮寫，即數學公式翻譯器，是出現很早的一門語言，主要面向數值計算。）目前有許多不同版本的Fortran編譯器，Windows平臺上最常用的是基於微軟Visual Studio並集成了一整套IDE的商業Fortran編譯器，如CVF(Compad Visual Fortran)與IVF(Intel Visual Fortran)等，此外還有一些非商業的、基於命令行的編譯器，如gfortran/g95等。
這裏推薦使用GCC (the GNU Compiler Collection)，它是由GNU計劃推出的編譯器套件，其中編譯Fortran的子程序叫GFortran。NONMEM 7.4的安裝包裏也附帶GCC安裝程序，版本爲4.6.0，建議初學者直接使用。注意：與最新版Strawberry Perl（從5.26.2.1版本開始）綁定安裝的gfortran不能用於Windows 10 上運行NONMEM，在測試安裝 NONMEM時會發生未知原因的崩潰 2。
NONMEM 7.4.3自帶的GCC默認路徑爲nm743CD/compilers，安裝過程非常簡單，雙擊gfortran-windows-460.exe隨後按提示操作即可。
安裝結束後，可以檢查一下GCC是否安裝成功。首先可以查看系統環境變量的Path項，如果安裝成功則會將gfortran可執行文件的路徑自動加入Path中，如：C:\Program Files (x86)\gfortran\bin。從Windows的搜索框中找到啓動命令提示行cmd或Windows Powershell，輸入命令：gfortran --version或gfortran -v，如果安裝正確會出現類似下面的返回信息。第一行GNU Fortran後面數字即爲版本號，NONMEM直到7.4.4版本自帶的GCC版本均爲4.6.0。
注意：由於NONMEM在安裝過程中需要使用gfortran編譯源文件，之後儘量不要再更換GCC版本，GCC可能會不兼容不同版本GCC編譯的程序。
配置Perl環境
安裝Perl解釋器
Perl常見的有ActivePerl和Strawberry Perl兩大發行版，兩個版本主要的使用區別是模塊管理不同。其中ActivePerl（5.24版本之前）在Windows系統下使用ppm工具來管理Perl模塊，但ppm的資源庫在中國沒有鏡像，網絡質量差的情況下容易出錯；Strawberry Perl保持了Linux下的風格，採用cpan管理Perl模塊，cpan在全球有豐富的鏡像，在中國大陸也有10多個鏡像，使用體驗會好很多，但缺點是某些模塊管理不夠高效，忽略網絡質量的情況下不如ppm快。PsN網站上推薦初學者使用Strawberry Perl，但是5.26.2.1版本以後自帶的gfortran與NONMEM不兼容，因此接下來內容還是以ActivePerl爲例。
ActivePerl也有許多版本，PsN官方要求Perl版本不低於5.10.1，但是因爲5.26及以後版本不再綁定安裝ppm (Perl Package Manager)，因此爲了便於後續的包安裝，這裏從ActivePerl官網下載5.24.2版本的ActivePerl進行安裝。安裝好Perl之後，也可以測試一下安裝是否成功，打開cmd，輸入命令：perl --version與ppm --version，如果安裝成功則會返回如下信息：
安裝Perl模塊
安裝好ActivePerl之後，還需要再額外安裝一些Perl的模塊，PsN的某些功能需要調用這些模塊。以管理員身份運行cmd，依次輸入以下命令：
ppm install Math-Random
ppm install MooseX-Params-Validate
ppm install Statistics-Distributions
ppm install XML-LibXML
安裝成功或失敗後均有相應返回信息提示。
NONMEM安裝
NONMEM安裝源文件
NONMEM在安裝過程中需要調用gfortran編譯源文件，因此在開始安裝之前，必須確認gfortran已經正確安裝。首先認識一下NONMEM安裝文件夾裏的一些內容：根目錄下有許多文件名以install開頭的文件，這些是對應不同操作系統安裝NONMEM時需要直接運行的程序。對Windows而言，需要運行的是SETUP74.bat，這其實是一個批處理文件。nonmem.lic是NONMEM的授權文件，即使用許可證，建議在安裝NONMEM前先將授權文件拷貝至安裝文件根目錄下。readme_743.pdf是官方的說明文檔。剩下的文件或文件夾中，除了前面已經說過的compiler文件夾外，其餘的可以暫時先不管。
安裝NONMEM
進入NONMEM安裝文件的根目錄，右擊SETUP74.bat對其中的批處理腳本進行修改，其中：defcdd表示來源路徑，即NONMEM安裝文件根目錄的地址，根據實際情況決定； defh表示目標路徑，即安裝NONMEM的位置，同樣根據實際情況而決定；deff表示編譯器。這裏假設NONMEM安裝源文件根目錄路徑爲c:\nm743CD，目標文件夾爲c:\nm743，編譯器爲gfortran，則SETUP74.bat做以下修改：
修改完bat文件之後，右擊SETUP74.bat文件管理員身份運行，如果運行成功則會如下圖所顯示，最後一行的提示Continue (y/n)? [y]，直接回車即可。之後的過程就比較簡單了，大多時間是在等待以及根據提示的默認選項按回車。
在進行到Step 9時，在目標路徑的根目錄下可以找到progress.txt文件，打開這個文件可以看到完成進度。這一步是在編譯源文件，比較費時，這一步驟可以反映計算機CPU的性能。
安裝腳本的最後一步則是測試，會提示Do you want to test the installation?，建議輸入y測試安裝是否成功。最後，還需要將有效的授權文件nonmem.lic粘貼至license文件夾覆蓋原許可證，否則在後續計算過程中會提示NONMEM許可證過期而無法啓動運算。至此，NONMEM安裝就全部結束了。
NONMEM輔助軟件安裝
PsN(Perl speaks NONMEM)安裝
在成功配置Perl環境後，就可以安裝PsN了。從PsN官網下載壓縮包，解壓後打開PsN的根目錄（默認名爲PsN-Source），啓動文件爲setup.pl，右鍵選擇以管理員身份運行即開始安裝。通常情況下此時是可以直接運行該文件的，但有時也會出現系統不識別該類型文件的情況，若之前已經測試過Perl成功安裝的話，此時可以嘗試命令行安裝方式：以管理員身份打開cmd，進入PsN安裝文件根目錄cd x:\..\PsN-Source，輸入命令：perl setup.pl。
在安裝過程中，根據提示輸入y或n，然後回車，多數情況下輸入y。若之前在計算機上安裝過PsN，可能會提示詢問是否保留原有的psn.conf文件，建議輸入n，讓程序新建一個psn.conf，這個文件裏記錄了一些配置信息，包括NONMEM版本、路徑以及計算模型時的選項。安裝程序會自動搜索NONMEM所在的路徑，並自動設置好psn.conf，但之前也發現如果NONMEM裝在比較深的目錄下，PsN安裝程序可能搜索不到，需要手動輸入NONMEM的安裝路徑。這樣PsN就安裝好了。
Pirana安裝
Pirana的安裝較爲簡單，從Pirana官網下載安裝程序pirana_2.9.9_windows.exe，運行然後按提示操作即可。通常情況下在安裝過後無需配置就可以直接使用了，但是還是需要進一步確認下。首先是將Pirana與NONMEM關聯，選擇File\Settings\NONMEM，如下圖所示一般都是自動關聯好。點擊Local NONMEM installations欄目右上角的搜索按鈕，即可讓Pirana自動搜索或手動指定NONMEM的安裝路徑。
有時還需要手動設置PsN可執行文件的路徑，選擇PsN欄目如果PsN executable location爲空，則需要手動填寫Perl安裝目錄下的bin文件夾路徑。
最後，如果Pirana提示許可證到期部分功能被限制，則需要點擊Help\Install licence file，選擇有效的pirana.lic文件路徑，進行許可證安裝。安裝成功後，在Help\About Pirana即可查看過期時間等授權信息。