1./bin目錄
該目錄下的命令可以被root與一般賬號所使用，由於這些命令在掛接其它文件系統之前就可以使用，所以/bin
目錄必須和根文件系統在同一個分區中。
/bin目錄下常用的命令有：cat、chgrp、chmod、cp、ls、sh、
kill、mount、umount、mkdir、[、test等。其中“[”命令就是 test 命令，我們在利用 Busybox 製作根文件系統時，在生成的bin目錄下，可以看到一些可執行的文件，也就是可用的一些命令。
2./sbin 目錄
該目錄下存放系統命令，即只有系統管理員（俗稱最高權限的root）能夠使用的命令，系統命令還可以存放在/usr/sbin,/usr/local/sbin目錄下，/sbin目錄中存放的是基本的系統命令，它們用於啓動系統和修復系統等，與/bin目錄相似，在掛接其他文件系統之前就可以使用/sbin，所以/sbin目錄必須和根文件系統在同一個分區中。
/sbin目錄下常用的命令有：shutdown、reboot、fdisk、fsck、init等，本地用戶自己安裝的系統命令放在/usr/local/sbin目錄下。
3、/dev目錄
該目錄下存放的是設備與設備接口的文件，設備文件是Linux中特有的文件類型，在Linux系統下，以文件的方式訪問各種設備，即通過讀寫某個設備文件操作某個具體硬件。比如通過"dev/ttySAC0"文件可以操作串口0，通過"/dev/mtdblock1"可以訪問MTD設備的第2個分區。比較重要的文件有/dev/null, /dev/zero, /dev/tty, /dev/lp*等。
4./etc目錄
該目錄下存放着系統主要的配置文件，例如人員的賬號密碼文件、各種服務的其實文件等。一般來說，此目錄的各文件屬性是可以讓一般用戶查閱的，但是隻有 root 有權限修改。對於 PC 上的 Linux 系統，/etc 目錄下的文件和目錄非常多，這些目錄文件是可選的，它們依賴於系統中所擁有的應用程序，依賴於這些程序是否需要配置文件。在嵌入式系統中，這些內容可以大爲精減。
5./lib目錄
該目錄下存放共享庫和可加載（驅動程序），共享庫用於啓動系統。運行根文件系統中的可執行程序，比如：/bin /sbin 目錄下的程序。
6./home目錄
系統默認的用戶文件夾，它是可選的，對於每個普通用戶，在/home目錄下都有一個以用戶名命名的子目錄，裏面存放用戶相關的配置文件。
7./root目錄
系統管理員（root）的主文件夾，即是根用戶的目錄，與此對應，普通用戶的目錄是/home下的某個子目錄。
8./usr目錄
/usr 目錄的內容可以存在另一個分區中，在系統啓動後再掛接到根文件系統中的 /usr目錄下。裏面存放的是共享、只讀的程序和數據，這表明 /usr 目錄下的內容可以在多個主機間共享，這些主要也符合 FHS 標準的。/usr 中的文件應該是隻讀的，其他主機相關的，可變的文件應該保存在其他目錄下，比如 /var。/usr 目錄在嵌入式中可以精減。
9./var目錄
與 /usr 目錄相反，/var 目錄中存放可變的數據，比如 spool 目錄(mail,news)、log 文件，臨時文件。
10./proc 目錄
這是一個空目錄，常作爲 proc 文件系統的掛接點, proc 文件系統是個虛擬的文件系統，它沒有實際的存儲設備，裏面的目錄，文件都是由內核臨時生成的，用來表示系統的運行狀態，也可以操作其中的文件控制系統。
11./mnt 目錄
用於臨時掛載某個文件系統的掛接點，通常是空目錄，也可以在裏面創建一引起空的子目錄，比如/mnt/cdram /mnt/hda1 。用來臨時掛載光盤、移動存儲設備等。在嵌入式 linux 中, 通常用來掛在 nfs 網絡文件系統
12. /tmp目錄
用於存放臨時文件，通常是空目錄，一些需要生成臨時文件的程序用到的 /tmp目錄下，所以 /tmp 目錄必須存在並可以訪問。