UCSC瀏覽器的安裝

環境：Ubuntu 12.04 amd64

安裝Mysql數據庫。

sudo apt-get install mysql-server mysql-client libdbd-mysql-perl libmysqlclient-dev

新建一個用戶。

mysql –u 用戶名 –p 密碼
create user 'user'@'localhost' identified by 'PASSWORD';
flush privileges;

這裏面的密碼是進入user這個數據庫的密碼，非mysql登錄。user作爲名稱可以隨意替換，但是下文相應的部分也要改。不熟練的話不建議修改。

安裝Apache。

sudo apt-get install apache2 libapache2-mod-fcgid libapache2-mod-perl2

下載必須的libraries

apt-get install libssl0.9.8
ln -s /usr/lib/libssl.so.0.9.8 /usr/lib/libssl.so.6
ln -s /usr/lib/libcrypto.so.0.9.8 /usr/lib/libcrypto.so.6

建立一個genomebrowser文件夾，並下載html文件。

mkdir /var/www/genomebrowser
rsync -avzP rsync://hgdownload.cse.ucsc.edu/htdocs/ /var/www/genomebrowser/

安裝Genome Browser。

mkdir -p /var/www/genomebrowser/cgi-bin
rsync -avzP rsync://hgdownload.cse.ucsc.edu/cgi-bin/ /var/www/genomebrowser/cgi-bin/
chown -R www-data.www-data cgi-bin

給www-data權限

sudo chown www-data /var/www/genomebrowser/

建立緩存文件夾

rm /var/www/genomebrowser/trash
mkdir /var/www/genomebrowser/trash
chown www-data.www-data /var/www/genomebrowser/trash

提供Javascript文件

mkdir -p /usr/local/apache/htdocs/
ln -s /var/www/genomebrowser/js/ /usr/local/apache/htdocs/js
ln -s /var/www/genomebrowser/style/ /usr/local/apache/htdocs/style

/var/www/genomebrowser/cgi-bin/hg.conf文件

可以修改默認的基因組

defaultGenome=Mouse

還可以修改默認的Mysql服務器地址，用戶名和密碼

db.host=localhost

以及默認的瀏覽器地址

browser.documentRoot=/var/www/genomebrowser

配置Apache服務器，使下載的html、cgi-bin可以正常顯示。

/etc/apache2/sites-available/default的配置

XBitHack on
<Directory "/var/www/genomebrowser/html">
	AllowOverride AuthConfig
	Options +Includes
	</Directory>


	ScriptAlias /genomebrowser/cgi-bin/ /var/www/genomebrowser/cgi-bin/
	<Directory "/var/www/genomebrowser/cgi-bin">
		AllowOverride None
		Options +ExecCGI -MultiViews +SymLinksIfOwnerMatch
		Order allow,deny
		Allow from all
		AddHandler cgi-script cgi pl
	</Directory>
	<Directory "/var/www/genomebrowser/trash">
		Options MultiViews
		AllowOverride None
		Order allow,deny
		Allow from all
	</Directory>
	<Directory "/var/www/genomebrowser">
		Options MultiViews
		AllowOverride None
		Order allow,deny

/etc/apache2/sites-available/default-ssl的配置

XBitHack on

	<Directory /var/www/genomebrowser>
	AllowOverride AuthConfig
	Options +Includes
	</Directory>

	ScriptAlias /genomebrowser/cgi-bin/ /var/www/genomebrowser/cgi-bin/
	<Directory "/var/www/genomebrowser/cgi-bin">
	AllowOverride None
	Options +ExecCGI -MultiViews +SymLinksIfOwnerMatch
	Order allow,deny
	Allow from all
	AddHandler cgi-script cgi pl
	</Directory>


		Allow from all
	</Directory>
	ScriptAlias /cgi-bin/ /usr/lib/cgi-bin/
	<Directory "/usr/lib/cgi-bin">
		AllowOverride None
		Options +ExecCGI -MultiViews +SymLinksIfOwnerMatch
		Order allow,deny
		Allow from all
	</Directory>

建立Mysql tables。

這一步較爲繁瑣。

wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/hgcentral.sql
mysql –u 用戶名 –p 密碼 -e "create database hgcentral"
mysql –u 用戶名 –p 密碼 hgcentral < hgcentral.sql
mysql –u 用戶名 –p 密碼 -e "grant all privileges on hgcentral.* to 'user'@'localhost'"
mysql –u 用戶名 –p 密碼 -e "create database hgFixed"
mysql –u 用戶名 –p 密碼 -e "grant select on hgFixed.* to 'user'@'localhost'"

再在根目錄下建立gbdb文件夾

sudo mkdir /gbdb

如果你有足夠的磁盤空間和網速，可以把一個物種的數據都下載下來。如果沒有的話，可以挑着下。

sudo rsync -avzP rsync://hgdownload.cse.ucsc.edu/mysql/mm9/ /var/lib/mysql/mm9

如果嫌太多了，可以一個一個下，例如

sudo rsync -avzP rsync://hgdownload.cse.ucsc.edu/mysql/mm9/NIAGene.MYD /var/lib/mysql/mm9
sudo rsync -avzP rsync://hgdownload.cse.ucsc.edu/mysql/mm9/NIAGene.MYI /var/lib/mysql/mm9
sudo rsync -avzP rsync://hgdownload.cse.ucsc.edu/mysql/mm9/NIAGene.frm /var/lib/mysql/mm9

每一個mysql表都包含三個文件，

.MYD .MYI和.frm

某些文件因爲網速沒下全也可以用這種方法補下。

rsync -avzP rsync://hgdownload.cse.ucsc.edu/gbdb/mm9/ /gbdb/mm9/

rsync -avzP rsync://hgdownload.cse.ucsc.edu/mysql/hgFixed/ /var/lib/mysql/hgFixed

sudo rsync -avzP rsync://hgdownload.cse.ucsc.edu/mysql/uniProt/ /var/lib/mysql/uniProt/sp120323/
sudo rsync -avzP rsync://hgdownload.cse.ucsc.edu/mysql/swissProt/ /var/lib/mysql/uniProt/sp111004/
sudo rsync -avzP rsync://hgdownload.cse.ucsc.edu/mysql/proteome/ /var/lib/mysql/proteinDB/proteins120806/
sudo rsync -avzP rsync://hgdownload.cse.ucsc.edu/mysql/proteins/ /var/lib/mysql/proteinDB/proteins111004/

如果出現類似這樣的錯誤“Couldn't set connection database to uniProt Access denied for user 'user'@'localhost' to database 'uniProt'”，請建立相應的硬鏈接。詳情見http://genomewiki.ucsc.edu/index.php/Browser_installation。

go -> go080130
proteins -> proteins111004
proteome -> proteins120806
swissProt -> sp111004
uniProt -> sp120323

總之，網頁提示啥有問題，就去下啥。

MySQL數據庫中應該有如下幾個數據庫：

customTrash
hg18
hgFixed
hgcentral
proteinDB
proteins
proteome
swissProt
uniProt

但最少需要以下幾個表。

grp
trackDb
hgFindSpec
chromInfo
gold
gap

對於/gbdb/, 你至少需要下載對應物種的.2bit文件或nib文件，

/gbdb/<database>/<database>.2bit
有的物種需要:
/gbdb/<database>/nib/*.nib

另外，UCSC會遇到一個問題：Can’t connect to local MySQL server through socket ‘/var/lib/mysql/mysql.sock’ (13)。

可能是由於mysql版本的更新，.sock文件放的位置不同了。解決方法：

ln -s /var/run/mysqld/mysqld.sock /var/lib/mysql/mysql.sock
chmod 666 /var/lib/mysql/mysql.sock
chmod 755 /var/lib/mysql/

或者，無法顯示自己的數據庫，並且提示找不到hg19。這是由於Browser默認顯示是hg19。改一下地址欄，hgGateway?db=** 其中**代表自己下載的數據庫，如本文的mm9。

對於 UCSC 的 Genome Browser,用戶也可以添加 Custom Track。但是有效期只有兩天,兩天不用就會自動刪除。而且用戶的 data 是不會進入 UCSC 的 mysql 數據庫的。想永久保存數據還要提交申請,UCSC 對你的身份、學術能力進行考覈,挺麻煩。這也是安裝本地 Genome Browser 的一個原因。另一個就是不願意 share...
其實本地添加永久的 Custom Track 是很容易的。直接讓安裝者多建立一個數據庫就可以了。

mysql –u xx –p xx -e "insert into grp set name='$name', label='$label', priority=$priority;"

把 Custom 的數據導入 mysql 就可以了。