原创 MacOS Catalina 運行32位命令行程序的小經驗
1.大神的解決方案 這裏又看到一個解決方案。Bringing back 32-bit apps to life a.32位命令行程序 一個簡單的命令就可以了, 經測試，10.15.3已經失效?不確定，歡迎反饋。 sudo nvra
2020-07-01 19:35:59
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原创 2019已走，總結我有
2019已經與我們擦肩而過，響應jimmy號召，把總結提前到這兩天寫好。一份總結，可以從多個方面入手，工作的、學習的（一般也和工作內容相關的）、生活的，主要寫下學習方面的吧！ R語言和Python學習方面 想要入門一門編程語言真的
2020-07-01 19:35:59
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原创 ubiome類似數據dada2處理探索1
還是接着之前的事說，首先，在researchgte網站上發現了一個小“新大陸”，說可以把不能很好拼接的數據直接N連接處理。這裏就先按軟件默認的加幾個N了，雖然拼接率有3%。。。然後，找到了直接加N的軟件，不重複造輪子，自己寫拼接腳
2020-07-01 19:35:59
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原创 ubiome類似數據dada2處理探索2
繼續之前未完成的筆記，前面實現了使用qiime2-dada2插件初步探索，結果以無敵的報錯失敗告終，這裏進入R包，更靈活地處理數據，下面是我的詳細步驟。 1.上次未完成的準備工作 #設置R包的工作目錄，不是R語言的，這只是個變量而
2020-07-01 19:35:59
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原创 2019新冠狀病毒學習筆記
最近這波疫情，重現當年初中非典時期，甚至愈演愈烈，與之前初中時的封校住宿學習不同，已經工作的今天和太多的互聯網信息大爆炸讓我們有些焦慮，特別是，作爲學習生物的人，我們也感到無能爲力。官方媒體的科普，已經讓大家對這個病毒的具體情況有
2020-07-01 19:35:59
原创 qiime2+biom+qiime1獲得16S物種丰度
我們知道，不管是16S等擴增子測序，還是宏基因組，最後最重要的結果，就是物種的丰度情況了，qiime2給出的16S丰度結果是一個計數，對於許多軟件來說這是可用的，那麼如果我們想獲得一個直接的百分比數據應該怎樣做呢？ 當然，有許多方
2020-07-01 19:35:58
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原创 娛樂版HLA分型網頁升級了
之前做了一個簡單的網頁，使用23andme格式+snp2hla軟件獲得hla分型數據，當然準確性不咋的，也就玩玩，上線後爲大約100+人提供了服務，這是伯值得驕傲的事，因爲第一次能爲大家提供服務。代碼我是放在了gitHub的，數據是腳本處
2020-07-01 19:35:58
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原创 久等了的QIIME 2 2020.2 更新來了
QIIME 2 2020.2 更新踩着2月的尾巴來了！疫情仍在，學習的好時光呀，加油！這次更新有一些小的命令更改，已經把需要關注的重點更新突出顯示。官方提醒下一次的更新發布是QIIME 2 2020.5，請持續關注更新。 有關安裝最新的Q
2020-07-01 19:35:58
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原创 使用nf-core的ampliseq（qiime2）流程分析16S數據
最近看到生信技能樹的一篇推文在介紹nf-core這個流程管理工具，發現官方有qiime2的流程，學習一下，順便探索一下中間的坑。關於nf-core，這篇推文已經介紹的夠多了，我這裏主要學習它的搭建和使用。 一、環境搭建 首先，先進
2020-07-01 19:35:58
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原创 COVID-19檢測方法彙總
世衛組織已經將新冠狀病毒2019-nCov重全名爲COVID-19，所以與時俱進，我們也叫COVID-19。今天看下它的檢測方法，整體來看，應該說還沒有十全十美的解決方案，只能兩個或者多個方案聯用。參考了多個推文，附在了文後，部分
2020-07-01 19:35:58
原创 ubiome類似數據dada2處理探索3
1.導入qiime2前的準備 我簡單處理了下otu序列和表，使它們能導入qiime2，應該是一行shell代碼解決的，shell水平不行，python來頂了。 import os fout = open('otus.txt',
2020-07-01 19:35:58
原创 16S流程知多少？
除了引用最多的qiime流程，u/vsearch（usearch是一人一已之力單挑學術界）和mothur（用的人越來越少的感覺），最近又發現了一兩個流程，一併分享給大家。 一、lotus:http://psbweb05.psb.u
2020-07-01 19:35:58
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原创 SNP2HLA之參考數據集合並提高分型準確性
這幾天隨便搜索snp2hla軟件的參考數據集的時候發現一個韓國科學家寫了一個數據集合並腳本，在使用韓國人樣本測試時準確性較分別只用兩個未合併的數據集準確性有所提高，於是，就找到了論文提供的腳本合併了一下。中間還有個小插曲，應該是作者在公開
2020-07-01 19:35:58
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原创 體溫與腸道微生物
https://www.cell.com/cell-reports/fulltext/S2211-1247(19)30177-9 1.體溫與腸道微生物 1.Microbiota Depletion Impairs Thermoge
2020-07-01 19:35:58
原创 宏轉錄組學研討會
這項工作已獲得知識共享署名-相同方式共享4.0國際協議的許可。這意味着您可以複製，共享和修改作品，只要結果以相同的許可證分發即可。 本教程由Mobolaji Adeolu（[email protected]），John Par
2020-07-01 19:35:58
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