原创 喂，你要多喫點含乳酸菌的食品
生活中，你一定對酸奶不陌生，早在古時候先輩們已經制作酸奶了。在中國，酸奶有史可查的最早記錄是在公元5世紀，賈思勰在《齊民要術》中記載了齊地酸奶的製作方法。而酸奶中最常見的幾種菌就是保加利亞乳桿菌、嗜熱鏈球菌、乳酸乳球菌等了。 乳
2020-07-01 19:35:58
原创 宏轉錄組學習筆記一
前面提到，已經有兩家公司通過宏轉錄組(Metatranscriptomics)測序檢測腸道微生物，面向消費者提供檢測服務。對宏轉錄組充滿了好奇，有這樣的比方說，宏基因組可以告訴我們這個微生物羣落可能有什麼樣的功能（潛能），宏轉錄組
2020-07-01 19:35:58
原创 宏轉錄組學習筆記（三）
通過腳本和snakemake實現自動化 到目前爲止，我們已經完成了所有工作，並複製並粘貼了許多命令來完成所需的操作。這可行！但是也可能很耗時，並且更容易出錯。接下來，我們將向你展示如何將所有這些命令放入Shell腳本中。 一個sh
2020-07-01 19:35:58
原创 qiime2 view鏡像網站等你來用
沒事的時候，翻github，發現了qiime view網站的源代碼是公開的，可以靜態佈署。手上有個雲服務器，前幾天又獲得了一個免費域名qiime2.cn，於是做了一個鏡像網站view.qiime2.cn，分享給需要的人。服務器在重
2020-07-01 19:35:58
原创 宏轉錄組學習筆記（二）
上次竟然忘記把學習的教程地址放上了，這裏首先放上：2018-cicese-metatranscriptomics 繼續前面的學習，前面已經把軟件安裝完成，數據庫準備好，下面就是分析的過程了，基本上按照原文的命令進行的，由於教程中沒
2020-07-01 19:35:58
原创 腸型在這裏
內容基本上翻譯自：https://enterotype.embl.de/index.html 介紹 腸型是一種根據人類腸道微生物羣來分層的人的方法。它們來自個體腸道微生物羣中不同微生物羣的相對丰度（目前處於屬級;請參閱維基百科關於
2020-05-25 16:08:42
原创 Excel實現序列反向互補
最近有需求需要把很多excel裏的引物序列反向互補，當然，任何一個編程語言都能解決，可是編個腳本需要一定的時間，而且，跨平臺性也不足夠好吧。Excel就不一樣了，人人電腦裏有，天天用，如果能做一些小工具也是很棒的事嘛。Excel也
2020-05-11 13:40:01
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原创 生物信息學數據管理習題 Python3
這是我兩三年前學習過的一本書，我覺得這本書挺好，把生物學的問題直接在python學習中解決了，推薦給大家，之前還整理了習題代碼，分享一下。之前分享在了github上，收穫了10顆星，慚愧，已經是我最多星的一個。還有一兩個習題記得
2020-05-11 13:39:51
原创 Nanopore 16S測序數據分析流程之blast/last
最近有朋友和我交流納米孔16S測序數據的分析，發現真的沒有從頭完成過一次這方面的數據分析，然後發現這方面的資料也比較少，於是學習一下，和大家分享。坦白說，牛津納米孔測序技術在16S多樣性研究方面還是有些不足的，只能說勉強夠用，主要
2020-05-03 14:12:21
原创 [轉載]amoled屏幕Android手機低亮度閃爍緩解軟件
在hipda論壇發現一個軟件,親測有效, 分享一下! 地址 12月9日更新，加入像素過濾。 酷安地址： https://www.coolapk.com/apk/210927 Play地址https://play.google.c
2020-04-19 05:52:06
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原创 使用納米孔測序數據進行16S-DNA條形碼研究的計算方法[綜述]
摘要 通過對16S核糖體RNA（16S rRNA）基因進行測序來評估細菌多樣性已廣泛用於環境微生物學中，特別是自從高通量測序技術問世以來。這些技術帶來的另一項創新是需要開發新的策略來管理和研究生成的大量測序數據。這種情況刺激了生物
2020-04-14 11:00:45
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原创 GWAS研究和多基因評分
2.GWAS研究和多基因評分 GWAS的一般思想是掃描樣本中所有測量到的單核苷酸多態性(SNPs)與結果的關聯，使用可能的環境混雜進行嚴格的控制和多重測試。除了測量到的SNPs，GWAS還使用典型的填充SNPs。對未測量的SNPs
2020-04-02 19:32:52
原创 腸道測試揭示的10個腸道微生物組事實
首先聲明，與Viome公司沒有任何利益關係，翻譯這篇報道只是覺得文章寫的比較好。 西雅圖，2019年8月20日 /美通社/-Viome是一家通過基於個體生物學的個性化營養來重新定義健康的公司，今天發佈瞭如何分析和理解腸道微生物組
2020-03-11 22:21:01
原创 千人基因組計劃基因分型數據下載
最近需要下載千人基因組計劃中的中國人數據作爲參考，於是學習了下幾個下載方法。發現還是有幾個小技巧值得分享的，就記錄分享一下！我找到的主要方法有兩三個，分別是通過網頁下載，API批量下載和ftp批量下載。 1.網頁下載 這個比較簡單
2020-03-10 04:46:29
原创 snptest學習筆記
在閱讀肺癌PRS分型那篇文章時發現作者使用這個軟件進行了多元邏輯迴歸，值得學習一下。在微信上能找到一篇教程來自陳文燕[bio生物信息]公衆號的對性染色體進行關聯分析（轉載在了下一篇文章裏），也可以學習下一些知識。 For the
2020-03-05 10:36:16