原创 肺癌新易感位點的發現及多基因遺傳評分在肺癌風險預測中的應用--基於中國超大型前瞻性隊列研究
這是一篇值得學習的文章，基本上全文翻譯了這篇文章，覺得重要的地方進行了突出顯示。 我認爲重要的內容 1.處於高遺傳風險的輕度吸菸者與處於中等遺傳風險的重度吸菸者顯示出相當的風險。在每個遺傳風險類別中，吸菸的程度與肺癌相對風險的增
2020-03-05 10:36:16
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原创 ubiome類似數據dada2處理探索6
接着前面的內容，這裏再進行下數據庫的處理，看看從參考數據庫就按測序數據處理是不是能提高物種註釋的精度。這裏先預報一下，種的分類結果並不能有明顯的提升，或許是因爲序列長度的缺陷，即使再努力提高技巧，終究不能解決根本的問題，250bp
2020-02-23 11:04:42
原创 ubiome類似數據處理探索7
前面做的許多處理基本上自己拼湊來的，下面再看下完整解決方案。researchgate網站上有人說qiime1版本有這個雙向數據配對不拼接的選項？這個沒找到。主要發現了有兩個方案，一個是有篇文章提出了一個流程Hybrid-denov
2020-02-23 11:04:42
原创 ubiome類似數據dada2處理探索4
前面我們探索了處理不能拼接的V4 PE150數據，首先雙向reads根據質量情況分別切成120bp，然後使用dada2 R包進行了直接+10N拼接，生成ASV表，再分別使用dada2包和qiime2進行了物種註釋，基本上完成了一個
2020-02-23 11:04:42
原创 文獻學習--大腸癌中富集的7種細菌是潛在的診斷標記物
①基於多個國家4個隊列的526個宏基因組樣本，鑑定出在結直腸癌（CRC）中富集的7個菌種； ②脆弱擬桿菌、具核梭桿菌、不解糖卟啉單胞菌、微小小單胞菌、中間普雷沃菌、芬氏別樣桿菌、食氨基酸熱厭氧弧菌； ③用這7個菌種可在不同人羣
2020-02-23 11:04:42
原创 安卓手機安裝linux充當“生產力”的idea
最近偶然發現不管使用Maru OS(一個通過內置LXC後臺運行實現安卓和linux共存的系統)和linux deploy（需要root），使用VNC監視器操作這個手機內置的linux操作系統，因爲手機暫時沒發現可以以有線網絡連接電
2020-02-23 11:04:42
原创 ubiome類似數據dada2處理探索5
前面我們探索了處理不能拼接的V4 PE150數據，首先雙向reads根據質量情況分別切成120bp，然後使用dada2 R包進行了直接+10N拼接，生成ASV表，再分別使用dada2包，decipher包和qiime2進行了物種註
2020-02-23 11:04:42
原创 [翻譯]q2 picrust2 教程
簡介 picrust2 beta既可以單獨安裝，也可以以qiime2-PICRUST2插件方式安裝和使用，兩者都可以在linux和Mac上運行，windows請使用虛擬機。 請注意，與PICRUSt1元基因組預測步驟相比，使用默認
2020-02-23 11:04:42
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原创 使用jupyter lab愉快地編程
最近發現生信技能樹VIP論壇羣裏在討論jupyter lab這麼一個工具，內心想嘗試一下，畢竟一個好工具或許就可以改變你的學習態度和進程，工欲善其事，必先利其器嘛。我使用了這個工具之後，感覺又重新燃起了對R語言的學習熱情呢。當然，手上的技
2019-10-26 04:43:50
原创 腸癌早篩學習筆記
我們注意到腸癌，日漸成爲大家關注的話題，由於它難以被發現，並且越晚發現治療效果越差，正逐漸成爲大家關注的焦點。最近一直在關注腸癌早篩方面的內容，查閱了一些資料，記一下筆記，備忘，並分享一下！ 1.早篩方法之免疫檢測及侵入式檢測 最
2019-09-06 03:02:06
原创 文獻解讀：通過預測血糖反應進行個性化營養
以色列科學家通過對800個健康個體的研究發現，不同的人對同一種食物的血糖水平響應是不一樣的。也就是說，食物的GI值不是確定的，存在着個體差異，且這種差異與個體的腸道菌羣是有關係的。包括中國在內的許多國家都發布過針對本國民衆的膳
2019-09-05 03:14:56
原创 我的公衆號目錄
使用大神的python包給公衆號做了個目錄，儘管只有幾十篇，我就備忘備查下： 一、先來看看目錄 1.讀書和遊記 《讓身體和微生物成爲朋友》讀書筆記 畫個草原之旅路線圖欣賞下內蒙風光 2.微生物方面 a.腸道微生物在這裏 幾種有趣的益生菌腸
2019-08-23 02:47:02
原创 QIIME 2 2019.7 更新
QIIME 2 2019.7 昨天發佈了，讓我們來看一下更新了哪些內容。下一次更新在2019.10下旬，請持續關注。虛擬機鏡像更新將在下週放出。 下面是更新亮點： QIIME 2 Framework 1.更新了軟件README文件，提供
2019-08-03 03:13:32
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原创 qiime2+picrust1學習筆記
一直迷惑於如何把qiime2和picrust結合起來用來分析16S的數據，直到這兩天，看到了微生太公衆號的視頻教程，纔有了眉目，原來如此。詳細視頻教程可以查找相關公衆號獲得。前面看到picrust2已經處於beta狀態了，其可以嵌入於qi
2019-08-03 03:13:31
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原创 納米孔Nanopore-16S數據分析學習筆記
1.下載原始數據 本次學習分析的文章是這篇：https://academic.oup.com/gigascience/article/7/12/giy140/5202451 這篇文章的原始數據有點問題，使用sra和ena數據庫直接下載都基
2019-07-05 03:05:09
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