原创 防止ssh登錄服務器的掉線
以前總是嫌麻煩，沒有影響自己就不想去主動解決問題，但是有學員一直反映他的MAC登錄我們的雲服務器總是掉線，我還是抽空幫忙解決，搜索看到兩個教程：http://www.361way.com/ssh-autologout/4679.htmlht
2018-12-05 10:50:15
原创 GWAS綜述（生信文獻閱讀俱樂部精選）
生信文獻閱讀俱樂部的首年活動進入尾期，部分俱樂部成員從頭到尾堅持下來了，優秀程度不下於我！ 這裏展示澳大利亞衚衕學的第20周的GWAS綜述翻譯稿件： From genome- wide associations to candidate c
2018-11-30 23:58:26
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原创 用R玩轉微店彙總報表
1.新建一個R-project，名叫 financial statements。 （這個地方就很符合jimmy大神的價值觀：只允許用打開R-project的方式打開Rstudio，小本本記下來，小心被懟） 2.把微店批量導出的訂單明細表和
2018-11-30 23:58:26
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原创 生信職位拉勾網爬取-附生信行業職業發展交流羣
大家好，之前答應健明師兄爬取一下招聘網的信息，今天我就給大家推送一條生物信息行業就業信息的一些信息，數據源來自拉勾網首先是整個網絡爬蟲的代碼1.導入相應的庫import requests import math import pan
2018-11-22 17:07:54
原创 rMATS這款差異可變剪切分析軟件的使用體驗
今天在全國第8屆生物信息學大會有幸聽到了rMATS軟件開發實驗室PI的演講，正好推送一波顧兄關於rMATS這款差異可變剪切分析軟件的使用體驗PPT鎮樓：rMATS是一款對RNA-Seq數據進行差異可變剪切分析的軟件。其通過rMATS統計模型
2018-11-22 16:58:41
原创 第41周生信文獻分享：肝癌復發的CpG甲基化信號特徵
發表於2017年，雜誌是 JOURNAL OF CLINICAL ONCOLOGY 影響因子26.303 ， 文章是 CpG Methylation Signature Predicts Recurrence in Early-Stage
2018-11-08 15:48:01
原创 R包是否應該每次使用都聯網？以及生信必備統計學實例推薦
在牆內搞生物信息學偶爾會遇到一些莫名其妙的問題，比如突然間有天就沒辦法使用下面這個函數： ### over-representation test kk.up <- enrichKEGG(gene = gene_u
2018-11-08 15:48:01
原创 Docker應用之一鍵化安裝Wordpress(無需代碼基礎)
Docker系列的前幾期發佈後，收到了一個小夥伴的投稿?WordPress是使用PHP語言開發的博客平臺，用戶可以在支持PHP和MySQL數據庫的服務器上架設屬於自己的網站。Wordpress的搭建和維護基本只需鼠標操作、無需代碼和網頁開發
2018-11-08 14:57:55
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原创 ChAMP 包分析450K甲基化芯片數據（一站式）
早在我們舉辦甲基化芯片專題學習的時候，見：450K甲基化芯片數據處理傳送門 就有非常棒的一站式教程投稿，也因此我結識了優秀的六六，以及其教程大力推薦的R包作者，見：850K甲基化芯片數據的分析 但是當時的教程題目並沒有着重宣傳該R包，恰好技
2018-11-05 18:13:05
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原创 ATAC-seq實操
本實操完全學習了：給學徒的ATAC-seq數據實戰（附上收費視頻) 的代碼及流程，首先致謝！| 數據來源的文章：The landscape of accessible chromatin in mammalian preimplantat
2018-11-05 18:08:02
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原创 製作BW文件的時候需要去除位於黑名單區域的信號
我看到一個biostars論壇提問很有趣The code I used;$ computeMatrix scale-regions -S Sample1.bw Sample2.bw Sample3.bw -R genes.bed -a 50
2018-10-25 11:48:07
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原创 一個MeDIP-seq實戰（優秀學徒成果展）
前傳： 一個簡單進行SNP分析的實戰例子（優秀學徒成果展） 一、安裝軟件安裝samtools（常用軟件，可以安裝在自己的主環境下）cd ~/package wget -c https://sourceforge.net/projects/s
2018-10-25 11:48:07
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原创 超精華生信ID總結，想踏入生信大門的你-值得擁有
目錄各大生信資源的使用流行程度生信數據庫的霸主-NCBI以及Entrez檢索系統Gene查找好幫手-Entrez Gene數據庫人類基因命名委員會-HGNCEnsembl計劃NCBI非冗餘序列數據庫-RefSeqNCBI核酸序列數據庫-Ge
2018-10-25 11:47:56
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原创 跟着jimmy學docker系列之第2講：一個軟件一個容器
✎✎✎ 回過頭來看當初在生信技能樹發佈的docker教程已經是2017-07-07的事情了，那是一個好日子?： 我學會docker啦！希望你也可以學會 其實當時只是爲了寫教程而學習和分享，一直沒有找到docker的實際應用場合
2018-10-25 11:47:56
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原创 跟着jimmy學docker系列之第4講：docker容器資源調度問題（MAC版本）
前面我們複習了docker的用法，而且我還帶領大家親自構建了一個自己的docker容器，也成功的在測試數據集裏面運行了，但是前面我說的，我這次搞docker是因爲真的有需求，那麼就必然要處理我的真實數據。這個時候的bam文件是10-20G大
2018-10-25 11:47:56