原创 跟着jimmy學docker系列之第3講：爲何不創建自己的docker容器呢？
✎✎✎跟着jimmy學docker系列之第2講：一個軟件一個容器 前面我們說到，在docker倉庫下載的那個容器是錯誤的，因爲它配置的Ubuntu庫文件不夠，所以我更新了，形成了自己的容器jimmy的docker教程——第3講爲何不創建自己
2018-10-25 11:47:56
原创 GEO數據挖掘-第一期-膠質母細胞瘤（GBM）
GEO數據挖掘系列文-第一期-膠質母細胞瘤文章標題lncRNAs PVT1 and HAR1A are prognosis biomarkers and indicate therapy outcome for diffuse glioma
2018-10-25 11:37:48
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原创 第5篇：對ATAC-Seq/ChIP-seq的質量評估（二）——ChIPQC
ATAC系列連載： 第1篇：ATAC-seq的背景介紹以及與ChIP-Seq的異同第2篇：原始數據的質控、比對和過濾 第3篇：用MACS2軟件call peaks 第4篇：對ATAC-Seq/ChIP-seq的質量評估（一）——phanto
2018-09-21 16:38:01
原创 TCGA的28篇教程-早期泛癌研究
長期更新列表： 使用R語言的cgdsr包獲取TCGA數據（cBioPortal）TCGA的28篇教程- 使用R語言的RTCGA包獲取TCGA數據 （離線打包版本）TCGA的28篇教程- 使用R語言的RTCGAToolbox包獲取TCGA數據
2018-09-21 16:38:01
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原创 第4篇：對ATAC-Seq/ChIP-seq的質量評估（一）——phantompeakqualtools
學習目標探討ChIP-seq數據質量低的來源理解鏈交叉相關性（ strand cross-correlation）使用phantompeakqualtools計算交叉相關性和其他相關的質控度量值評估交叉相關圖ChIP-Seq質量評估在下游分
2018-09-21 16:38:01
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原创 下載文件一定要md5校驗一下
因爲要使用STAR-fusion軟件，其GitHub主頁裏面提到了配置好的數據庫文件，我就想直接下載，如下：├── [ 26G] GRCh37_gencode_v19_CTAT_lib_Nov012017.plug-n-play.tar.
2018-09-21 16:38:01
原创 給學徒的GEO作業
首先需要看完R語言及GEO視頻並且嘗試理解代碼在：https://github.com/jmzeng1314/GEO 視頻在： https://www.bilibili.com/video/av26731585/作業1看懂文章：https
2018-09-21 16:38:01
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原创 blast簡介及格式解讀及練習題
01blast產生背景雙序列比對可以採用是基於動態規劃算法的Needleman-Wunsch（NW）和Smith-Waterman algorithm（SW）算法，雖然精度高，但計算消耗大。當與數據庫比對的時候，該算法就顯得不切實際。因此
2018-09-21 16:38:01
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原创 在R裏面對座標進行基因組區域註釋
座標註釋最簡單的生物學應用就是peaks區域的註釋，通常我們可以使用linux的各種軟件加上gtf等格式的基因組註釋信息來完成，在R裏面當然也是可以輕鬆完成的啦！假設有如下格式的座標：> head(pos) chr star
2018-09-21 16:38:01
原创 Conquer-對單細胞數據差異表達分析的重新審視
隨着單細胞測序技術的流行，我們對複雜疾病和性狀的理解從patient，tissue的表達譜(bulk RNA-seq)到單個細胞的表達譜(single cell RNA-seq)。究其原因，在於bulk RNA-seq產生的是一個細胞羣體的
2018-09-21 16:33:20
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原创 第2篇：原始數據的質控、比對和過濾
專題目錄：1、第1篇：ATAC-seq的背景介紹以及與ChIP-Seq的異同2、這部分內容包括對原始測序數據質控，然後比對過濾，這是所有NGS數據處理的上游分析。ATAC-Seq與其他方法不同的一點是需要過濾去除線粒體（如果是植物，還需要過
2018-09-21 16:33:20
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原创 CRISPR相關公司的股價大跌背後的故事
CRISPR基因編輯技術 被稱爲基因魔剪的CRISPR-Cas9（Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats）技術是當前發展最爲迅速、關注度和應用範圍最爲廣泛的一類基因
2018-09-21 16:33:20
原创 TCGA的28篇教程-所以癌症的突變全景圖
長期更新列表： 使用R語言的cgdsr包獲取TCGA數據（cBioPortal）TCGA的28篇教程- 使用R語言的RTCGA包獲取TCGA數據 （離線打包版本）TCGA的28篇教程- 使用R語言的RTCGAToolbox包獲取TCGA數據
2018-09-21 16:33:20
原创 第1篇：ATAC-seq的背景介紹以及與ChIP-Seq的異同
【ATAC-Seq簡介】ATAC-seq（Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing） 是2013年由斯坦福大學William J.
2018-09-21 16:33:09
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原创 把含有多樣本的vcf文件拆分
參考：https://www.biostars.org/p/224702/ 非常多已經造好的輪子可以完成，包括bcftools，vcftools，還有大名鼎鼎的GATK，隨便舉例如下：module load java/1.8.0_91 GE
2018-09-21 16:33:09
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