原创 django基礎課程-2
安裝了所需要的軟件，熟悉了一些基本命令，就可是進行實戰操作，總會遇到一些問題，如下： 一 .根據視頻操作，執行django-admin.py startproject hello_django(命名爲hello-django，會提示Com
2020-06-22 00:24:53
原创 通過哈希的鍵來去掉數組中的重複值
通過哈希鍵不存在重複值的屬性，可以去掉數組中的重複值 #!/usr/bin/perl use strict; my %hash = (); my @array = (2,3,4,6,89,56,35,38,4,6,89); f
2020-06-22 00:24:53
原创 perl學習筆記 - 輸入與輸出
鑽石操作符 <> ：從用戶指定的位置讀取輸入（一般用於讀取用戶的輸入文件） 注意： 1，<>會處理所有的輸入，直到所有輸入的結尾爲止 一般在一個程序中只有一個<>，若出現多次則可能發生錯誤。 2，調用參數@ARGV @ARGV 是一個
2020-06-22 00:24:53
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原创 notepad++ 正則表達式的簡單應用
1.對於日常需要把如下一列數據轉換爲'A','B','C','D'的方法爲：在正則表達式的循環查找模式下，輸入查找目標爲([\w\W]+?)\r\n , 替換爲 '\1', A B C D 2.對於ACE，ADA，BAX，CAPS轉換爲
2020-06-22 00:24:53
原创 用python寫的一些小應用
1.根據一個表格是基因，一個工作簿裏不同的癌種基因信息放在不同的表格中，要查找表1的每個基因在工作簿裏的哪些癌種中存在 #!/usr/bin/env python # encoding=utf-8 # 目的是根據基因在另一個工作簿中各
2020-06-22 00:24:53
原创 java 字符串基礎操作
1.“==”本身是進行數值比較的，而如果在對象之中進行比較，常進行的是對象內存地址的數值比較，而沒有進行內容的比較，如果要進行內容的比較，而需要使用String類中的一個方法 內容比較：public boolean equ
2020-06-22 00:24:52
原创 利用python生成二維碼 以及批量生成二維碼
常見的兩種簡單生成二維碼方法，目測均是很好用的 1.MyQR 要求是python3 ，並且二維碼上的內容不支持中文 #1.生成普通二維碼 #在程序中導入MyQR包下的模板myqr，其中word參數接收一個字符串作爲二維碼的內容。
2020-06-22 00:24:52
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原创 對annovar註釋的總結
新的一年到了，到了該更新數據庫的時候了，首先就從常用的annovar軟件以及所使用的數據庫開始更新吧。 1.下載最新版的annovar軟件，annovar.latest版本，需要一個edu的郵箱。 2.下載註釋所用的數據庫，官網上太多，可
2020-06-22 00:24:52
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原创 利用cBioportal數據庫進行腫瘤基因的挖掘
查找腫瘤靶藥預後風險相關基因位點，在沒有找到相關的腫瘤panel的情況下，可以去cBioportal這個數據庫去根據腫瘤類型查找頻率很高的基因，然後把鼠標放在某個基因上，就會看到圖一提示： 進入OncoKB Cancer Gene Li
2020-06-22 00:24:52
原创 把PGM儀器上兩次數據進行合併後再跑variantCaller的流程
因爲一個樣本做了兩次，兩次的深度都不是很大，需要把兩次的數據bam文件進行合併後再運行流程，這時候拿到合併的數據後肯定不能在網頁端進行插件運行了，需要自己把數據拷貝到儀器的服務器，運用相應的軟件以及腳本進行運行了。 1.分別合併兩次的ub
2020-06-13 00:21:24
原创 用R做GO功能註釋和KEGG通路富集分析
KEGG -GO主要是使用R 中clusterProfiler包進行富集分析 以及使用pathview 包進行代謝途徑整合和可視化。 進行在線分析的：https://pathways.embl.de/ 1.代碼：https://gith
2020-06-10 11:47:36
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原创 HLA分型的摸索史
HLA(human leukocyte antigen ，人類白細胞抗原)是人類的主要組織相容性複合體（MHC）的表達產物，該系統是目前所知人體最複雜的多態系統。通過HLA的分型，可以找到疾病的原因，比如免疫系統疾病，超過90%的強直性脊
2020-06-10 11:47:36
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原创 WES流程-系列一
目前分析WES/WGS的軟件已經很多了，這次主要寫GATK，和samtools mpileup 和bcftools call 流程。 1,需要安裝的軟件 trimmomatic,bwa,samtools,gatk bcftools ,vc
2020-06-10 11:47:36
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原创 gitforwindows 在windows下進行操作
gitforwindows 看名字，就知道是一個爲windows服務的軟件，可以在windows下進行shell的操作，雖然只是部分，但是也有兩百多個，最常見的也是有的，比如awk，cat,cut,sed，scp等。 進入官網點擊下載，就
2020-06-10 11:47:36
原创 統計fastq格式的數據質量值
現在對fastq格式的數據進行統計的軟件也很多 1.FastQC，目前也是用的比較多 2.readfq 用來統計各種質量值 3.fqcheck 我自己用的比較少 ，它會統計每條reads，按read 1-100位點計算每個位置的ACGT
2020-06-10 11:47:36
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