利用cBioportal數據庫進行腫瘤基因的挖掘

查找腫瘤靶藥預後風險相關基因位點,在沒有找到相關的腫瘤panel的情況下,可以去cBioportal這個數據庫去根據腫瘤類型查找頻率很高的基因,然後把鼠標放在某個基因上,就會看到圖一提示:

進入OncoKB Cancer Gene List,看到圖二界面 :

 對於每個基因都進行了分類(癌基因還是腫瘤抑制基因(TSG)),權威數據庫是否收錄。不需要註冊,基因列表可以下載的,搜索某個基因進入後,就會看到每個基因上位點的變異,證據級別以及藥物情況。

在cbioportal數據庫裏也可以查找某個癌症裏基因裏的位點變異情況,選擇癌種後,在右上角藍色框Query輸入一個基因或者多個基因(以空格隔開)後,點擊mutation後,就會看到圖三提示:

 數字表示證據級別,黃色的表示該變異是否在Recurrent Hotspot and 3D Clustered Hotspot裏面。均是很好用的癌種數據庫。

在cbioportal除了進行基因位點的查找,還可以下載數據進行生存分析,並且提供了網頁端的工具,值得深度挖掘。

其它常見癌症數據庫:cosmic, civic  ,ICGC, TCGA

一些癌症相關的panel路徑:某些大公司會在官網上發佈自己的產品panel,如賽默飛,illumina,Qiagen 

MSK-IMPACT 等。

 

 

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