Linux下安裝最新版本QIIME2_2018.6

本文章只介紹如何在Linux下安裝最新版QIIME2軟件，具體的軟件使用及其他內容見QIIME2官方文檔，請參考：https://docs.qiime2.org/2018.6/       #點擊鏈接會自動在網址前加入http://，請手動去掉或者複製鏈接打開

安裝步驟如下：

1.下載安裝anaconde2

Linux下下載的是文件是Anaconda2-5.0.1-Linux-x86_64.sh，下載完成後直接運行bash Anaconda2-5.0.1-Linux-x86_64.sh，一步一步按照指示往下走，最後問詢問安裝位置，默認位置爲用戶主目錄，也可以自己選擇安裝位置；還會詢問是否將anaconde加入到.bashrc默認路徑中，如果加入路徑就會在使用python時默認使用anaconde，我的選擇是加入，加入後要麼重啓終端，要麼source .bashrc，這樣才能生效。

2.更新conda

conda update conda          #將conda升級爲最新版的，新版conda的bug最少，碰到問題的機會也小

3.安裝（升級）wget

conda install wget

4.下載QIIME2-2018.6編譯文件

wget https://data.qiime2.org/distro/core/qiime2-2018.6-py35-linux-conda.yml

5.編譯QIIME2

conda env create -n qiime2-2018.6 --file qiime2-2018.6-py35-linux-conda.yml   

編譯安裝QIIME2，這一步會下載安裝所有的依賴文件，所以會下載很多東西，耗時較久，具體速度看網速。

6.激活工作環境

source activate qiime2-2018.6

7.檢查是否安裝成功

qiime --help

如圖，若能彈出幫助程序即安裝成功。

8.關閉工作環境

source deactivate

當不使用時要關閉QIIME2工作環境，否則會對其他程序產生影響，造成其他程序出錯。