對於公司送回來的測序數據，我們通常需要進行質檢，檢查數據是否符合我們要求的測序深度，在質檢中，統計各個位點的depth就顯得尤爲重要。
最常見的統計depth的方法就是使用samtools depth，但是這個方法僅僅侷限於對單個位點進行depth進行統計，那麼有時候我麼你需要使用滑動窗口來對區間進行統計，這樣可以觀察在整條染色體上測序深度的變化趨勢，從而發現已經問題，比如CNV等，這個時候我推薦另一種方法bedtools coverage.
具體使用方法：
1. bedtools makewindows -g genome.txt -w 10000000 -s 1000000 > windows.bed
#bedtools makewindows用來自動生成劃窗區間。-g genome.txt是要劃分的基因組，格式爲兩列：染色體、染色體長度；-w 10000000爲窗口大小爲10M；-s 1000000爲步長爲1M，即窗口在染色體上每次向右平移1M的距離；windows.bed爲輸出文件，格式爲三列：染色體、區間開始位點、區間結束位點。
2. bedtools coverage -a windows.bed -b xxx.sort.bam > xxx.depth.txt
#bedtools coverage對劃分好的每個滑動窗口進行reads數（depth)的統計。-a windows爲上一步劃分好的區間；-b xxx.sort.bam爲測序數據mapping到參考基因組的比對文件；xxx.depth.txt爲統計結果的輸出文件，格式爲7列：染色體、區間起始位點、區間結束位點、該區間內的reads數、該區間內的鹼基數、區間大小、該區間的平均覆蓋度。
#關於xxx.sort.bam文件的幾點說明：
1. 一般將測序數據mapping到參考基因組之後的輸出文件爲sam文件格式，需要先用samtools view -bS xxx.sam > xxx.bam轉換爲bam格式
2.xxx.bam還需要進行排序和建立索引才能用於後續的統計：
samtools sort xxx.bam xxx.sort ##輸出結果爲xxx.sort.bam
samtools index xxx.sort.bam ##輸出結果爲xxx.sort.bam.bai