原创 統計Binmap中某一親本基因型所佔總比例
在構建完binmap之後，往往需要統計各親本佔羣體的基因型比例。比如玉米中的B73-teosinte羣體，我們假設B73的基因型爲A，teosinte的基因型爲B，如果我們需要統計在整個羣體中teosinte所佔的基因型比例，這時候我們需
2018-10-10 08:14:40
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原创 遺傳圖譜的可視化（比mapchart更強大）
將羣體的遺傳圖譜構建完成之後，我們得到的是一個excel文件，一堆數據，那麼在做工作彙報或者發表文章的時候，我們必須要將數據進行可視化，最傳統的方法當然是使用mapchart，我一直也是使用mapchart，其將遺傳圖譜可視化的效果圖如下
2018-10-10 08:14:40
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原创 記欣寶（20180920）
從2014年11月到2018年8月，我和欣寶在一起有1363天，今天是我們分手第46天。 我安排好自己的工作，塗上了我們一起買的安耐曬（雖然我一直嫌塗防曬麻煩，瞅瞅窗外的烈日還是乖乖塗上了），在分析不涼羣和寧哥、桂師兄交代晚飯我不和他們一
2018-09-21 10:06:47
原创 如何劃窗統計測序數據的reads數（depth）
對於公司送回來的測序數據，我們通常需要進行質檢，檢查數據是否符合我們要求的測序深度，在質檢中，統計各個位點的depth就顯得尤爲重要。 最常見的統計depth的方法就是使用samtools depth，但是這個方法僅
2018-09-03 03:31:33
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原创 箱型圖學習筆記
昨天有個同學看文獻的時候看到一張圖，看不太明白，於是跑來問我，我乍一看此圖，典型的箱型圖，但也僅僅只限於知道是箱型圖，並不知道到底這種圖該如何去看，就惡補了一下相關知識。 對於箱型圖，百度百科上的解釋如下： 箱形圖最大的優點就
2018-09-03 03:31:32
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原创 Linux下安裝最新版本QIIME2_2018.6
本文章只介紹如何在Linux下安裝最新版QIIME2軟件，具體的軟件使用及其他內容見QIIME2官方文檔，請參考：https://docs.qiime2.org/2018.6/ #點擊鏈接會自動在網址前加入http://，請手
2018-09-03 03:31:32
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原创 Linux下手動編譯安裝R包（今日份收穫）
不管是在windows下還是Linux下，我們安裝R包的方法最常用最無腦的方法，自然是install.packages("package_name")，但是很多情況下並不能如願： 本人今天安裝ASMap包時也失敗了，於是在各種折騰之下學
2018-09-03 03:31:32
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原创 linux：Unable to establish SSL connection
在Linux下安裝各種軟件最常用的命令自然是wget https://xxxxxxxx 。本人今天安裝QIIME2軟件，在使用wget下載時報錯：多方查閱資料，所有人給出的建議都是一模一樣的：wget的版本過低，建議更新wget版本。但是
2018-09-03 03:31:27
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原创 Linux sed 命令學習筆記
簡介： sed是一種流編輯器，它是文本處理中非常重要的工具，能夠完美的配合正則表達式使用，功能不同凡響。處理時，把當前處理的行存儲在臨時緩衝區中，稱爲“模式空間”（pattern space），接着用sed命令處理緩衝區中的內容，處理完成
2018-09-03 03:31:27
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