vaa3d_神經元追蹤算法介紹之MOST_neuron tracing

Rapid Reconstruction of 3D Neuronal Morphology from Light Microscopy Images with Augmented Rayburst Sampling

Ming X, Li A, Wu J, Yan C, Ding W, et al. (2013) 
Rapid Reconstruction of 3D Neuronal Morphology from Light Microscopy Images with Augmented Rayburst Sampling.
PLoS ONE 8(12): e84557. doi:10.1371/journal.pone.0084557

華中科技大學
2013年12月發表在PLOS ONE上 
PLOS ONE是SCI三區期刊

主要內容

單閾值二值化，每一個連通域內生成一個種子點。
步進式追蹤。採用局部的前景信息。
每走一步，將周圍半徑以內球形標記爲已追蹤。
提取前進方向的半球形以內，半徑<d<半徑+2 內前景。聚類，聚類的中心點作爲下一個點的位置。爲什麼是半球形是因爲要屏蔽往回的方向。
獲取下一步方向。每一步的步長約等於半徑。

算法的缺點

不能跨越gap
看似形狀符合，但是實際上可能每一個連通域內有一個-1點。也就是說不是連在一起的。

算法的特點

採用局部的信息，不用生成其他的信息，運算速度很快。
步進式的追蹤，每走一步判斷一步。