介紹一篇半自動追蹤算法
Zandt B J , Losneg?Rd A , Hodneland E , et al.
Semi-automatic 3D morphological reconstruction of neurons with densely branching morphology: Application to retinal AII amacrine cells imaged with multi-photon excitation microscopy[J].
Journal of Neuroscience Methods, 2017, 279(Complete):101-118.
SCI 三區
主要流程
1. 反捲積去噪
2. 手動圈出平面內neuron存在的區域，其他區域置0.
3. 初始分割自適應閾值。自適應閾值=5%最大圖像強度+自適應值，分割軸突
4. 全局固定閾值分割，分割SOMA和樹突。11%最大圖像強度，去除所有20體素以下部分。
5. Fast marching 骨骼化 最小生成樹
6. 手動確定SOMA輪廓，去除SOMA區域內所有的小分支。骨骼化在SOMA上會帶來錯誤
特點
除了DIADEM metric 還用到了 Dice coefficient這麼一個量綱