質控工具：DADA2, Deblur, basic quality-score-based filtering（任一個）
產出文件：FeatureTable[Frequency] 特徵表 每個樣品裏面每個唯一序列的個數
FeatureData[Sequence] 特徵數據 每個樣品裏面的唯一序列，跟特徵表對應
示例1、
方法1：DADA2
qiime dada2 denoise-single \ --i-demultiplexed-seqs demux.qza \ --p-trim-left 0 \ （後面的數字表示從序列的第number位點開始截取，位點前面的捨棄，參考demux.qzv鹼基質量） --p-trunc-len 120 \ （後面的數字表示截取結束位點，參考demux.qzv鹼基質量） --o-representative-sequences rep-seqs-dada2.qza \ --o-table table-dada2.qza \ --o-denoising-stats stats-dada2.qza qiime metadata tabulate \ --m-input-file stats-dada2.qza \ --o-visualization stats-dada2.qzv mv rep-seqs-dada2.qza rep-seqs.qza mv table-dada2.qza table.qza
方法2：Deblur
qiime quality-filter q-score \ --i-demux demux.qza \ --o-filtered-sequences demux-filtered.qza \ --o-filter-stats demux-filter-stats.qza qiime deblur denoise-16S \ --i-demultiplexed-seqs demux-filtered.qza \ --p-trim-length 120 \ --o-representative-sequences rep-seqs-deblur.qza \ --o-table table-deblur.qza \ --p-sample-stats \ --o-stats deblur-stats.qza qiime metadata tabulate \ --m-input-file demux-filter-stats.qza \ --o-visualization demux-filter-stats.qzv qiime deblur visualize-stats \ --i-deblur-stats deblur-stats.qza \ --o-visualization deblur-stats.qzv
示例2、
DaDa2：
qiime dada2 denoise-single \ --p-trim-left 13 \ --p-trunc-len 150 \ --i-demultiplexed-seqs fmt-tutorial-demux-1.qza \ --o-representative-sequences rep-seqs-1.qza \ --o-table table-1.qza \ --o-denoising-stats stats-1.qza qiime dada2 denoise-single \ --p-trim-left 13 \ --p-trunc-len 150 \ --i-demultiplexed-seqs fmt-tutorial-demux-2.qza \ --o-representative-sequences rep-seqs-2.qza \ --o-table table-2.qza \ --o-denoising-stats stats-2.qza qiime feature-table merge \（合併不同處理組，不同於示例3的雙端合併） --i-tables table-1.qza \ --i-tables table-2.qza \ --o-merged-table table.qza qiime feature-table merge-seqs \ --i-data rep-seqs-1.qza \ --i-data rep-seqs-2.qza \ --o-merged-data rep-seqs.qza
示例3、
DaDa2：
qiime dada2 denoise-paired \（DaDa2可以雙端合併） --i-demultiplexed-seqs demux.qza \ --p-trim-left-f 13 \ --p-trim-left-r 13 \ --p-trunc-len-f 150 \ --p-trunc-len-r 150 \ --o-table table.qza \ --o-representative-sequences rep-seqs.qza \ --o-denoising-stats denoising-stats.qza