文檔在此 https://open-babel.readthedocs.io/en/latest/UseTheLibrary/PythonInstall.html
首先,pip install pybel安裝的是 pyBEL,是不相干的另外一個庫,所以不要這麼做。
需要安裝的是openbabel這個庫,但是,pip install openbabel安裝的其實只是一個python接口,實際程序需要另行安裝。
流程:
首先安裝系統對應版本的openbabel,可以選擇源碼安裝(版本新,可以一步到位),或者二進制文件安裝(適合懶人?)。
源碼安裝可以參考此文https://www.linuxidc.com/Linux/2017-01/139569.htm。需要注意的是,如果選擇不裝在/usr/local/lib裏,需要自行將openbabel的頭添加到PYTHONPATH中。
二進制文件安裝就不講了。裝好二進制文件以後安裝對應版本的openbabel(python)就行。
如果你發現,你係統提供的openbabel文件和python提供的openbabel版本沒一個對得上或者對得上的版本都太老了,又或者你的系統裏有多個python環境,怎麼辦?
建議
1.查看pip安裝的openbabel版本是什麼
2.到這裏查找對應版本的源碼,並編譯安裝在本機(不要設定安裝python bindings)
3.pip install openbabel
出現 ImportError: libopenbabel.so.5: cannot open shared object file: No such file or directory
就在~/.bashrc最後加一句
export LD_LIBRARY_PATH="/usr/local/lib/:$LD_LIBRARY_PATH"
# 這裏的/usr/local/lib/ 需要換成你的openbabel安裝地址