配置openmm環境

1. 配置python3.6版本的anaconda3-5.2.0

 從網址https://repo.continuum.io/archive/上尋找對應的版本

Anaconda3-5.2.0-Linux-x86.sh

507.3M

2018-05-30 13:05:46

81d5a1648e3aca4843f88ca3769c0830

用以下命令來下載文件到服務器 

wget https://repo.continuum.io/archive/Anaconda3-5.2.0-Linux-x86_64.sh

安裝

bash Anaconda3-5.2.0-Linux-x86_64.sh

配置，在~/.bashrc 中添加 export PATH，然後source一下

2.安裝openmm

輸入下列命令從指定網址上下載openmm（與CUDA10.1配合使用）：

conda install -c omnia -c conda-forge openmm

其他版本 conda install -c omnia/label/cuda80 -c conda-forge openmm。

測試是否安裝成功

python -m simtk.testInstallation

運行例子測試一下，文件位置/anaconda3/share/openmm/examples：

隨便試一下例子simulateAmber.py，檢查是否運行成功

openmm官方指導網站：http://docs.openmm.org/latest/userguide/

 

3.配置mpi

https://blog.csdn.net/sinat_36215255/article/details/102622341

https://www.cnblogs.com/goingmyway/p/5296002.html

4.坑

1.每次下載都會修改python版本

因爲沒有root權限，然後系統的默認python2.7，所以每次下載都是安裝python2.7版本並且會更新anaconda並將python版本改成2.7版本。

創建了一個3.6的python環境，並在該環境下安裝，缺點就是每次使用都要先激活環境。

conda create --name py36 python=3.6.5
source activate py36

2.CondaHTTPError:

conda安裝時會出現CondaHTTPError: HTTP 000 CONNECTION FAILED for url <https://conda.anaconda.org/conda-forge/linux-64/repodata.json>Elapsed: -

因爲外網太慢了，在~/.condarc.bak中添加以下內容使用清華的鏡像，把原來的默認的-default刪掉。

  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/linux-64
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/noarch
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/linux-64
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/noarch
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/linux-64
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/noarch
  - https://repo.anaconda.com/pkgs/main/linux-64
  - https://repo.anaconda.com/pkgs/main/noarch
  - https://repo.anaconda.com/pkgs/free/linux-64
  - https://repo.anaconda.com/pkgs/free/noarch
  - https://repo.anaconda.com/pkgs/r/linux-64
  - https://repo.anaconda.com/pkgs/r/noarch
  - https://repo.anaconda.com/pkgs/pro/linux-64
  - https://repo.anaconda.com/pkgs/pro/noarch

 3.查找python包
https://blog.csdn.net/miao0967020148/article/details/85230430