1.QIIME 安裝(virtualbox安裝)

開始之前你需要知道的知識

16S 測序

16S rRNA基因是編碼原核生物核糖體小亞基的基因，長度約爲1542bp，其分子大小適中，突變率小，是細菌系統分類學研究中最常用和最有用的標誌。

其序列包含可變區(Variable region)和保守區(Constant region)。可變區序列因細菌而異，且變異程度與細菌的系統發育密切相關，通過提取環境樣品的DNA，並擴增和檢測其中的一段或幾段區域，可以瞭解環境樣品(土壤、腸道、海洋)中細菌的分類和豐度。

OTU(Operational Taxonomic Units)

如果序列之間，比如不同的16S rRNA序列的相似性高於97%就可以把它定義爲一個OTU，每個OTU對應一個不同的16S rRNA序列，也就是每個OTU對應於一個不同的細菌(微生物)種。通過OTU分析，就可以知道樣品中的微生物多樣性和不同微生物的丰度。

測序區域

由於16S rDNA較長(1.5kb)，考慮到測序平臺的讀長限制，我們只能對可變區進行測序。16S rDNA包含有9個可變區，分別是v1-v9.一般我們對v3,v3-v4和v6可變區域進行擴增和測序。

v3,v3-v4和v6區域是比較常用的區域，可以查看一些文章或者其他一些公司的報道，有些可能會把v5-v6作爲測序區域，或者是選擇v1-v3作爲測序區域。

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QIIME

接下來部分是屬於QIIME2在Windows下的安裝步驟

QIIME2安裝

參考文檔 官網地址：qiime2doc 上面的鏈接是QIIME2的官網，QIIME(第一個版本)已經不推薦使用了

QIIME 2 has succeeded QIIME 1 as of January 1, 2018. QIIME 1 is no longer supported at this time,as development and support effort for QIIME is now focused entirely on QIIME 2. For more information, see our blog post: QIIME 2 has succeeded QIIME 1 QIIME 1 users should transition from QIIME 1 to QIIME 2. If you're new to QIIME, you should start by learning QIIME 2, not QIIME 1

從2018年1月1日起，QIIME2已經取代了QIIME，官方推薦用戶應該從QIIME過渡到QIIME2，新手也應該從QIIME2開始。

安裝VirtualBox

第一步：你需要安裝VirtualBox

QIIME2並不支持Windows，所以爲了能在Windows平臺下使用QIIME2，事先要先安裝虛擬機(VirtualBox)，目前VirtualBox最新版本是6.0.0。選擇Windows hosts然後下載文件。

然後一步一步點擊安裝，很快就可以安裝成功，VirtualBox界面如圖所示：

此圖演示版本爲：5.2.22 r126460 (Qt5.6.2)

準備好Ubuntu鏡像

第二步：你需要下載好Ubuntu鏡像

現在Ubuntu的版本是18.04 LTS，大家可以去官網免費下載，點擊Download即可下載。

Ubuntu 18.04大小爲18.1G，所以你需要等待一陣子。

創建虛擬機

在VirtualBox創建Ubuntu虛擬機

當工具和鏡像準備好的時候，你就可以在VirtualBox創建一個虛擬機了，接下來使虛擬機創建過程的演示。

1. 點擊新建，填寫信息

名稱：這裏是Ubuntu，自己可以隨意取

類型：這裏選擇Linux

版本：Ubuntu(64-bit)

填好信息之後點擊下一步。

2. 設置內存大小

這裏根據自己的電腦進行設置，只要在綠色區域之內就沒多大問題，然後下一步。

3. 創建虛擬硬盤

選擇現在創建虛擬硬盤

4. 選擇類型

選擇類型爲VDI

5. 選擇硬盤容量類型

選擇動態分配

6. 設置硬盤路徑和大小

選擇好硬盤存儲路徑和大小，這裏是E:\linux\Ubuntu.vdi和40GB，可以根據需要修改，最後點擊創建就可成功創建虛擬機。

現在可以看得到虛擬機的各種詳細信息。

在虛擬機內安裝系統

現在我們已經有了虛擬機，不過這個虛擬機沒有操作系統，就像現實中出廠的計算機一樣，是一個裸機。目前要做的事情就是把虛擬機當做真實的機器那樣，給它安裝一個操作系統。

給虛擬安裝操作系統需要用到我們前面已經準備好的Ubuntu鏡像，我們要利用Ubuntu鏡像來安裝系統，接下來是Ubuntu的安裝過程。

1. 虛擬機內設置啓動盤

   點擊設置，選擇存儲，然後點擊控制器：IDE下方的沒有盤片。

接下來點擊右邊屬性欄目的光盤圖標，它會展開一個選項，選擇**選擇一個虛擬光盤文件**

彈出一個對話框，這時候你需要找到Ubuntu鏡像的位置，這邊是在D盤：

當你找到你的鏡像的時候，點擊**打開**就可以了，最後再點擊**OK**

你可以看到虛擬機的信息發生了變化

做好這些工作之後，點擊左上角的**啓動**即可開始安裝程序。

2. 安裝選擇

   當你點擊開始的時候，由於虛擬機已經現實的機器不同，可能會出現幾個選項讓你選擇，這個時候只要選擇有install Ubuntu的選項就行了，這個時候的畫面如圖所示：

1.  選擇語言爲簡體中文，單擊安裝Ubuntu

2.  選擇鍵盤佈局爲漢語

3.  選擇正常安裝，勾選第三個選項

4.  選擇清除整個磁盤並安裝Ubuntu

因爲這是虛擬機，還沒操作系統，所以可以選擇第一個選項，假如是真實的機器，並且已經有操作系統了，那你可以選擇和XXX系統共存或者其他選項。

    然後確定更改

5.  選擇時區爲shanghai

6.  設置好用戶名和密碼以及計算機名稱

    接下來就是系統自動安裝的過程，你需要等待一會兒。

     最後安裝好之後重啓：