首先可以看一下cocos的官方教程：
如何在Windows 7平臺搭建Android Cocos2d-x3.2alpha0開發環境
前面利用控制檯創建一個新的項目，然後在VS上運行都是沒有問題的。
配置Android開發環境，完全按照他的步驟來。
關鍵是這一段
生成Android項目文件
在新建項目test項目中，執行proj.android下的build_native.py腳本進行編譯。
你會發現在新建的工程中的proj.android下根本沒有build_native.py這個文件。
但是你可以利用Windows的搜索功能。
D:\cocos2d-x-3.13\plugin\samples\HelloPlugins\proj.android
原來在這個文件夾中，複製到proj.android下執行即可，注意，不要直接打開執行，不然就消失了，在控制檯中執行。
對已經寫好的項目：
上述是對新創建的項目而言的，而對於各位已經編寫好的項目，就要再修改一些東西了。找到
Android.mk 修改一下選項：
這裏的CPP文件必須爲你的項目中創建並且用到的CPP文件，然後build_native.py即可。
注：HelloWorldScene.cpp我沒有用到，所以不用加到mk文件中。