電子商務的主要應用系統包括：
1)企業——企業應用系統(B to B)
企業與企業之間的電子商務將是電子商務業務的主體，約佔電子商務總交易量90%。就目前來看，電子商務在供貨、庫存、運輸、信息流通等方面大大提高企業的效率，電子商務最熱心的推動者也是商家。企業和企業之間的交易是通過引入電子商務能夠產生大量效益的地方。對於一個處於流通領域的商貿企業來說，由於它沒有生產環節，電子商務活動幾乎覆蓋了整個企業的經營管理活動，是利用電子商務最多的企業。通過電子商務，商貿企業可以更及時、準確地獲取消費者信息，從而準確定貨、減少庫存，並通過網絡促進銷售，以提高效率、降低成本，獲取更大的利益。
企業間電子商務通用交易過程可以分爲以下四個階段。一是交易前的準備。這一階段主要是指買賣雙方和參加交易各方在簽約前的準備活動。二是交易談判和簽訂合同。這一階段主要是指買賣雙方對所有交易細節進行談判，將雙方磋商的結果以文件的形式確定下來，即以書面文件形式和電子文件形式簽訂貿易合同。三是辦理交易進行前的手續。這一階段主要是指買賣雙方簽訂合同後到合同開始履行之前辦理各種手續的過程。四是交易合同的履行和索賠。
2)企業一消費者的應用系統(B t0 C)
從長遠來看，企業對消費者的電子商務將最終在電子商務領域佔據重要地位。但是由於各種因素的制約，目前以及比較長的一段時間內，這個層次的業務還只能佔比較小的比重。它是以互聯網爲主要服務提供手段，實現公衆消費和提供服務，並保證與其相關的付款方式的電子化。它是隨着萬維網(WWW)的出現而迅速發展的，可以將其看作是一種電子化的零售。目前，在互聯網網上遍佈各種類型的商業中心，提供從鮮花、書籍到計算機、汽車等各種消費商品和服務。目前在互聯網的萬維網上有很多這一類型電子商務應用的例子，如全球最大的亞馬遜書店(Http ://www.amazon.com)，顧客可以自己管理和跟蹤貨物的聯邦快遞(Http：//fedex.com)，網上預訂外賣食品的比薩屋(http ://www.pizzahut.com)。在國內也有一些網上購物商店。
這種購物過程徹底改變了傳統的面對面交易和一手交錢一手交貨及面談等購物方式，這是一種新的，很有效的電子購物方式。當然，要想放心大膽地進行電子購物活動，還需要非常有效的電子商務保密系統。
3)企業——政府的應用系統(B to G)
包括政府採購、稅收、商檢、管理規則發佈等在內的、政府與企業之間的各項事務都可以涵蓋在其中。例如，政府的採購清單可以通過互聯網發佈，公司以電子的方式迴應。隨着電子商務的發展，這類應用將會迅速增長。政府在這裏有兩重角色：既是電子商務的使用者，進行購買活動，屬商業行爲人。又是電子商務的宏觀管理者，對電子商務起着扶持和規範的作用。在發達國家，發展電子商務往往主要依靠私營企業的參與和投資，政府只起引導作用。與發達國家相比，發展中國家企業規模偏小，信息技術落後，債務償還能力低，政府的參與有助於引進技術、擴大企業規模和提高企業償還債務的能力。
----------200611月6日增加
4)用戶--用戶的應用系統(C to C)
C TO C即Consumer To Consumer。C2C同B2B、B2C一樣，都是電子商務的幾種構成成份之一。
不同的是C2C是用戶對用戶的模式，C2C商務平臺就是通過爲買賣雙方提供一個在線交易平臺，使賣方可以主動提供商品上網拍賣，而買方可以自行選擇商品進行競價。
5)公司--員工的應用系統(C to E)
http://www.dianliang.com/hr/zhishi/zuzhi/200606/hr_83040.html